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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001277

染色体: Chr02 坐标: 23422604-23426803 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001277
名称SmilChr02G001277
描述wall-associated receptor kinase-like 9
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向23422604 - 23426803 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007771
GeneID131007771
locus_tag-
NCBI NameLOC131007771
原始查询SmilChr02G001277

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase-like 9
产物wall-associated receptor kinase-like 9
ArabidopsisAT1G16090 (WAKL7)
wall associated kinase-like 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838179]
identity=27.9; qcov=0.901; evalue=5.76e-17; confidence=low
RiceOs12g0615100 (OsWAK128)
-
identity=32.5; qcov=1.1; evalue=1.02e-16; confidence=low
GOGO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057790673.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057790674.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057790673.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790673.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790673.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:23423592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr2:23426047 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 8 A4,B125,B26,B50,B92,B95,C12,C13
Chr2:23426056 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 8 A4,B125,B26,B50,B92,B95,C12,C13
Chr2:23426057 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 8 A4,B125,B26,B50,B92,B95,C12,C13
Chr2:23426061 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 8 A4,B125,B26,B50,B92,B95,C12,C13
Chr2:23426126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:23426206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,D10
Chr2:23426237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,D10
Chr2:23426297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B66,C49
Chr2:23426432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr2:23426465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,D3
Chr2:23426469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B9,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790673.1
195 aa
N
1
98
195
GUB_WAK_bind
C
PF13947 GUB_WAK_bind 27-81 aa
XP_057790674.1
171 aa
N
1
86
171
GUB_WAK_bind
C
PF13947 GUB_WAK_bind 27-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790673.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 27 81 1.6e-08 35.5 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057790674.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 27 81 1.5e-08 35.6 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934690.1
CTTTTGAATGCTTCAAAAAGGCATTTTGGATATTATTGCTTTCCACTTCATGCAAGCCGGATAAAGACCGAAATTTCTCCCAGATGAGATAATTTCAGAAATTATAAAATTTAATTAATAAGACGAAAAATCTATTTATTTAATTGTCGAAGTCCTCTACAAAGAATCCATTTATATAAGAAAGTTATGTATCGTTTAAAACCCAGTTTCTTTCCATTAAACTGCTACTCTTGAGCTAAACCAGTCATGCTGCCTCTGCA...
XM_057934691.1
TGCTTCAAAAAGGCATTTTGGATATTATTGCTTTCCACTTCATGCAAGCCGGATAAAGACCGAAATTTCTCCCAGATGAGATAATTTCAGAAATTATAAAATTTAATTAATAAGACGAAAAATCTATTTATTTAATTGTCGAAGTCCTCTACAAAGAATCCATTTATATAAGAAAGTTATGTATCGTTTAAAACCCAGTTTCTTTCCATTAAACTGCTACTCTTGAGCTAAACCAGTCATGCTGCCTCTGCAACTAATCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131007771
ATGCTGCCTCTGCAACTAATCTCTATCTTCCTACTTGTCTCACCACTATTCTCCGCCGCTCCAATTGCCAAGCTCGGATGCCTGGATCGCTGCGGGGATTTACCCATTCCATATCCATTTGGAGTCGGGTCAGATTGCTTCCTCGACTCGTATTTTAACATCGACTGCAATACTTCCACTCACCCTCCAAAAGCTTACCTCTCAATTATCAATAAACAAGTGATTGAAATCAATCAAACTTATATTCGTCTCTTAAACCC...
LOC131007771
ATGCTGCCTCTGCAACTAATCTCTATCTTCCTACTTGTCTCACCACTATTCTCCGCCGCTCCAATTGCCAAGCTCGGATGCCTGGATCGCTGCGGGGATTTACCCATTCCATATCCATTTGGAGTCGGGTCAGATTGCTTCCTCGACTCGTATTTTAACATCGACTGCAATACTTCCACTCACCCTCCAAAAGCTTACCTCTCAATTATCAATAAACAAGTGATTGAAATCAATCAAACTTATATTCGTCTCTTAAACCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057790673.1
MLPLQLISIFLLVSPLFSAAPIAKLGCLDRCGDLPIPYPFGVGSDCFLDSYFNIDCNTSTHPPKAYLSIINKQVIEINQTYIRLLNPYMISACYGLSVNDQHSLSVNLSGTPYTFSYENVLTAIGCDDMVLRSNGSSVFGGCSAFCADKNDTGGVGYCPYHGCCQDNMFEGVCGRVMQETSTFIRQCELVWVAGM
XP_057790674.1
MLPLQLISIFLLVSPLFSAAPIAKLGCLDRCGDLPIPYPFGVGSDCFLDSYFNIDCNTSTHPPKAYLSIINKQVIEINQTYIRLLNPYMISACYGLSVNDQHSLSVNLSGTPYTFSYENVLTAIGCDDMVLRSNGSSVFGGCSAFCADKNDTGGVGYCPYHGCCQDNMFEG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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