Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001299`

染色体: Chr02 坐标: 24052099-24068327 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001299`
名称	SmilChr02G001299
描述	wall-associated receptor kinase-like 8
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	24052099 - 24068327 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007785`
GeneID	`131007785`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007785`
原始查询	`SmilChr02G001299`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	wall-associated receptor kinase-like 8
产物	wall-associated receptor kinase-like 8
Arabidopsis	`AT1G16260` (AT1G16260) Wall-associated kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838195] identity=41.3; qcov=0.728; evalue=1.11e-171; confidence=medium
Rice	`Os04g0598900` (OsWAK50) - identity=40.4; qcov=0.735; evalue=1.89e-163; confidence=medium
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway); GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG	-
Pfam	PF00008 (EGF); PF00069 (Pkinase); PF07645 (EGF_CA); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12947 (EGF_3); PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007785

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057790684.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790684.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790684.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790684.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790684.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:24052446`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C30,C54,C76
`Chr2:24052548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr2:24052561`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B74
`Chr2:24052561`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B74
`Chr2:24052667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr2:24060620`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	83	A18,A20,A21,A3,A5,A8,A9,B11,B110,B117,B122,B123,B125,B132,B136,B137,B14,B140,B17,B20,B21,B22,B24,B25,B29,B3,B36,B38,B39,B40,B46,B47,B48,B49,B5,B51,B52,B57,B58,B59,B6,B60,B64,B68,B7,B75,B76,B8,B87,B93,B94,B95,B97,B98,C13,C16,C18,C19,C20,C21,C23,C3,C31,C36,C39,C47,C50,C51,C54,C57,C58,C59,C60,C65,C70,C72,C77,C78,C84,C85,D4,D5,D8
`Chr2:24060622`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	82	A18,A20,A21,A3,A5,A8,A9,B11,B110,B117,B122,B123,B132,B133,B136,B137,B14,B140,B17,B20,B21,B22,B24,B25,B29,B3,B36,B38,B39,B40,B46,B47,B48,B49,B5,B51,B52,B57,B58,B59,B6,B60,B64,B68,B7,B75,B76,B8,B87,B93,B94,B97,B98,C14,C16,C18,C19,C20,C21,C23,C3,C31,C36,C39,C47,C50,C51,C54,C57,C58,C59,C60,C65,C70,C72,C77,C78,C84,C85,D4,D5,D8
`Chr2:24060859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,D10
`Chr2:24060912`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C49
`Chr2:24060912`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C49
`Chr2:24060984`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B131,C6,C75
`Chr2:24060984`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B131,C6,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790684.1

1051 aa

526

1051

GUB_WAK_bind

EGF

EGF_CA

EGF

EGF_3

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF13947 GUB_WAK_bind 27-81 aa PF13947 GUB_WAK_bind 310-358 aa PF00008 EGF 551-584 aa PF07645 EGF_CA 593-637 aa PF00008 EGF 597-629 aa PF12947 EGF_3 597-631 aa PF00069 Pkinase 721-988 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 724-990 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790684.1`	Pfam	`PF13947`	GUB_WAK_bind	Domain	27	81	1.6e-17	64.3	Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
`XP_057790684.1`	Pfam	`PF13947`	GUB_WAK_bind	Domain	310	358	1.6e-17	64.3	Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
`XP_057790684.1`	Pfam	`PF00008`	EGF	Domain	551	584	6.8e-13	49.3	EGF-like domain
`XP_057790684.1`	Pfam	`PF07645`	EGF_CA	Domain	593	637	2.3e-09	38.0	Calcium-binding EGF domain
`XP_057790684.1`	Pfam	`PF00008`	EGF	Domain	597	629	6.8e-13	49.3	EGF-like domain
`XP_057790684.1`	Pfam	`PF12947`	EGF_3	Domain	597	631	1.3e-07	32.4	EGF domain
`XP_057790684.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	721	988	6.4e-51	174.0	Protein kinase domain
`XP_057790684.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	724	990	5.9e-47	160.9	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934701.1
CAGATGAGATAATTTCAGAAATTATAAAATTTAATTAATAAGACGAAAAATCTATTTATTTAATTGTCGAAGTCCTCTACAAAGAATCCATTTATATAAGAAAGTTATGTATCGTTTAAAACCCAGTTTCTTTCCATTAAACTGCTACTCTTGAGCTAAACCAATCATGCTGCCTCTGCAACTAATCTCTATCTTCCTACTTGTCTCACCACTATTCTCCGCCGCTCCAATTGCCAAGCTCGGATGCCTGGATCGCTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007785
ATGCTGCCTCTGCAACTAATCTCTATCTTCCTACTTGTCTCACCACTATTCTCCGCCGCTCCAATTGCCAAGCTCGGATGCCTGGATCGCTGCGGGGATTTACCCATTCCATATCCATTCGGAGTCGGGTCAAATTGCTCCCTCGATCCCTACTTTAACATCGACTGCAATACTTCCACTCGCCCTCCCAAAGCTTACCTCTCTATTATCAATAAGCAAGTGATTGAAATCAATCAAACTTATATTCGGCTCATAAACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790684.1
MLPLQLISIFLLVSPLFSAAPIAKLGCLDRCGDLPIPYPFGVGSNCSLDPYFNIDCNTSTRPPKAYLSIINKQVIEINQTYIRLINPYMISACYGSSVNDQHSLSVNLSGTPYTFSYENVLTAIGCDDMVLRSNGSSVFGGCSAFCADKNDTGGVGYCPYHGCCQDSMFEDNLLELEAQLIDLSGKSLRKKLFPCSYAFIQERRFRNQTIFSYPLYYLHNSTALLNDDWASASRPPVVRLNWWIIGAGNCSQARNSTTYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器