当前解析结果
SmilChr02G001304| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001304 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001304 |
| 描述 | formin-like protein 5 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 24192112 - 24198150 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007787 |
|---|---|
| GeneID | 131007787 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007787 |
| 原始查询 | SmilChr02G001304 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 5 |
| 产物 | formin-like protein 5 |
| Arabidopsis | AT5G54650 (Fh5)formin homology5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835554] identity=64.3; qcov=0.428; evalue=0; confidence=low |
| Rice | Os07g0545500 (OsSTA198)- identity=56.6; qcov=0.436; evalue=2e-165; confidence=low |
| GO | GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02181 (FH2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007787 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057790687.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790687.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790687.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790687.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057790687.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:24194440 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:24194497 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,B8,C49 |
Chr2:24194666 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr2:24194915 |
C |
CCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B47,C76 |
Chr2:24194915 |
C |
CCG |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B47,C76 |
Chr2:24195020 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,B61,C22 |
Chr2:24195048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C62,C8,C80,D3 |
Chr2:24195149 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr2:24195202 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B118,B41,B61,C22,C51 |
Chr2:24195203 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B131,B64,B91,C64,C66 |
Chr2:24195372 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B118,B41,B61,C22,C51 |
Chr2:24195433 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B118,B41,B61,C22,C51 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790687.1PF02181
FH2 474-872 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790687.1 |
Pfam | PF02181 |
FH2 | Family | 474 | 872 | 9.5e-100 | 335.0 | Formin Homology 2 Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。