Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001304

染色体: Chr02 坐标: 24192112-24198150 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001304
名称SmilChr02G001304
描述formin-like protein 5
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向24192112 - 24198150 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007787
GeneID131007787
locus_tag-
NCBI NameLOC131007787
原始查询SmilChr02G001304

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 5
产物formin-like protein 5
ArabidopsisAT5G54650 (Fh5)
formin homology5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835554]
identity=64.3; qcov=0.428; evalue=0; confidence=low
RiceOs07g0545500 (OsSTA198)
-
identity=56.6; qcov=0.436; evalue=2e-165; confidence=low
GOGO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF02181 (FH2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790687.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790687.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790687.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790687.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790687.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:24194440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:24194497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,B8,C49
Chr2:24194666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr2:24194915 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B47,C76
Chr2:24194915 C CCG 2bp_insertion CDS_variant 2 B47,C76
Chr2:24195020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B61,C22
Chr2:24195048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C62,C8,C80,D3
Chr2:24195149 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr2:24195202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B41,B61,C22,C51
Chr2:24195203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B64,B91,C64,C66
Chr2:24195372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B41,B61,C22,C51
Chr2:24195433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B41,B61,C22,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790687.1
1047 aa
N
1
524
1047
FH2
C
PF02181 FH2 474-872 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790687.1 Pfam PF02181 FH2 Family 474 872 9.5e-100 335.0 Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934704.1
TCGAAAAGATTCATAATCTTTTCATACCCAAAATTCAAAACAACGTATATGACAATTGATTGCATATTCGCGCTACAAATTAACATAAGGTCGCTGCGGAGCCCAAAAATAGCAAACTGAACCAACAGAATTCTGTACACCAGAAACTCGCAAACAAGAAAAGCACCAACAAACATGCCATCAAATTTTTGTCAGATTTGGTCTGACGCTTTTCCACGCAGAGGGAAAGTATCCATTTGTTGTTTGTTTTTCTTCTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007787
ATGAGGTTTCAAATGATAATTATAAGAGGAGGTTTTATATATATGGCGTTTTTGTTTGTGCTTTCGATTACAGCGGCGATGGGTGTGGAGAGCGAGAGGGAAGAGAGAGAAACCTTACTTGTTTATTTGATGGACGCAGGGGAGATCAATCAGGAAATGGCTGAATCACTACGGAGTGACTGCAGGAACGAGCTATCACATGCCAAGAAAACCTTGCAAGATATTGAGTTATGTTTTATGAAGGAGAGGTCAGTTAGTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790687.1
MRFQMIIIRGGFIYMAFLFVLSITAAMGVESEREERETLLVYLMDAGEINQEMAESLRSDCRNELSHAKKTLQDIELCFMKERSVSREELYGGSSRVKTQDAHNVMCPQVKKILVDCLRDKNLVLPVTGEKKDSDTWLRSLPSSPRRRELAEKSGEPSDPLPTIMLAVGVTASLTFIVSILLFYFCCAGSFAAGRNDERPLLSLTLSDSVASSRKSLTLGTSTNEEKLGSQSFNSSLGHTKSSGNLHLESHSLGHLHHSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器