当前解析结果
SmilChr02G001306| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001306 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001306 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001306 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 24254933 - 24256570 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008168 |
|---|---|
| GeneID | 131008168 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008168 |
| 原始查询 | SmilChr02G001306 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0439900- identity=29.4; qcov=0.486; evalue=4.05e-27; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008168 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057791045.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057791045.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057791045.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057791045.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791045.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:24254943 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
Chr2:24254952 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C10,C36,C49,C65,C76 |
Chr2:24254953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,C80 |
Chr2:24254957 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B78,C2,C44 |
Chr2:24254981 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B35,C16,C62,D3 |
Chr2:24254990 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B126 |
Chr2:24254992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C39 |
Chr2:24254992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr2:24255015 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr2:24255016 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B75 |
Chr2:24255018 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B122,B127,B34,B8,C60,C77,D1,D11 |
Chr2:24255034 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B131,B24,B52,B81,B9,C45 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791045.1PF03732
PEG10_N-capsid 10-82 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791045.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 10 | 82 | 6.2e-12 | 46.4 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。