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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001330

染色体: Chr02 坐标: 24758072-24767165 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001330
名称SmilChr02G001330
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向24758072 - 24767165 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007799
GeneID131007799
locus_tag-
NCBI NameLOC131007799
原始查询SmilChr02G001330

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
ArabidopsisAT3G57430 (OTP84)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824910]
identity=39.7; qcov=0.949; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0355100
-
identity=54.7; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057790697.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790697.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790697.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790697.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790697.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:24761125 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B137
Chr2:24761125 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B137
Chr2:24761143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr2:24761199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:24761255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B54,B95,C5,D7
Chr2:24761279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr2:24761366 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr2:24761387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,B41,C85
Chr2:24761425 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 10 A14,B26,B29,C31,C34,C5,C59,C64,D10,D11
Chr2:24761427 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 10 A14,B26,B29,C31,C34,C5,C59,C64,D10,D11
Chr2:24761441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B54,C5,D7
Chr2:24761579 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B114,B125,B138,B80,B90,B92,C21,C7,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790697.1
884 aa
N
1
442
884
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 71-120 aa PF01535 PPR 74-104 aa PF13041 PPR_2 172-218 aa PF01535 PPR 175-205 aa PF01535 PPR 246-267 aa PF13812 PPR_3 272-320 aa PF13041 PPR_2 273-321 aa PF01535 PPR 276-305 aa PF01535 PPR 351-374 aa PF01535 PPR 379-403 aa PF01535 PPR 450-471 aa PF13041 PPR_2 478-524 aa PF01535 PPR 479-508 aa PF13041 PPR_2 577-623 aa PF01535 PPR 579-609 aa PF01535 PPR 614-641 aa PF01535 PPR 652-675 aa PF20431 E_motif 694-756 aa PF20430 Eplus_motif 761-784 aa PF14432 DYW_deaminase 792-884 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 71 120 1e-86 285.6 PPR repeat family
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 74 104 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 172 218 1e-86 285.6 PPR repeat family
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 175 205 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 246 267 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 272 320 4.5e-28 97.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 273 321 1e-86 285.6 PPR repeat family
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 276 305 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 374 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 379 403 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 450 471 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 478 524 1e-86 285.6 PPR repeat family
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 479 508 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 577 623 1e-86 285.6 PPR repeat family
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 579 609 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 614 641 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 652 675 6.2e-78 252.5 PPR repeat
XP_057790697.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 694 756 4.9e-24 85.1 E motif
XP_057790697.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 761 784 1.2e-08 35.2 E+ motif
XP_057790697.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 792 884 1.2e-38 131.5 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096298.1
AATTTTAGCCCGAAAGCCCGATCAATCCTACAGGCTTACTGAGCGGGCTTTTTAGGCCCTAAATCCGAGCGGACCGGGCCGGTCCATCAGACCGGGTCCATTTTGACTGCAAACCACGTCGTCCTATGCCCCCTCGTTGCTCCGCTGCGTCTCGCCATCGATTGCTGCCTCGCCTCGCCGCCGATCGAAGGCTACCTAGGCTGCTGCAGTCGCCTTTGCCAAGCCCTCTGCCGTCGTCTGATTCCGCCGCTGGCGCGCCT...
XR_009096294.1
CGATCAATCCTACAGGCTTACTGAGCGGGCTTTTTAGGCCCTAAATCCGAGCGGACCGGGCCGGTCCATCAGACCGGGTCCATTTTGACTGCAAACCACGTCGTCCTATGCCCCCTCGTTGCTCCGCTGCGTCTCGCCATCGATTGCTGCCTCGCCTCGCCGCCGATCGAAGGCTACCTAGGCTGCTGCAGTCGCCTTTGCCAAGCCCTCTGCCGTCGTCTGATTCCGCCGCTGGCGCGCCTGACCCCTGATTCCCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007799
ATGGTTCTTCAACCATCTTACATTTCTTACTCAAAGTTGTTGCCATTGCTGAGGCAAACTAAGTCTGTAAACGAAGGCCTCCAAATCCATGCCCAGCTAGTTAAACTTGGAGTATCCCAGGATCCCAATCACCGTATCCATTTGATAAATTTCTATTCTAAGTCTGGAGTTTTTCATCATGCCCACAAGCTACTTGAAGAAAGTCCTGAACCAGATTTGGTTTCTTGGTCCTCACTGATATCCGGGTATACCCAGAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790697.1
MVLQPSYISYSKLLPLLRQTKSVNEGLQIHAQLVKLGVSQDPNHRIHLINFYSKSGVFHHAHKLLEESPEPDLVSWSSLISGYTQNGLGEKALLAFREMQALGVKGNGFTFPSVLKACANTSNFVLGKQVHGIVVVVGFESDVFVANTLVLMYAKCGSFLDSRRLFEDIPERNVVSWNALLTCYTQSDLFGKAMGLFQEMIVGGIRPDEYSLSTILNAATGLGDIGQGKKIHGYLIKLGYEGDPFSLNALVDMYAKGGDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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