当前解析结果
SmilChr02G001338| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001338 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001338 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001338 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 24879363 - 24893876 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008180 |
|---|---|
| GeneID | 131008180 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008180 |
| 原始查询 | SmilChr02G001338 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=29.7; qcov=0.515; evalue=1.34e-21; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC); PF08284 (RVP_2); PF09668 (Asp_protease); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008180 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057791055.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057791055.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057791055.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057791055.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791055.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:24879375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B34,B70,C32 |
Chr2:24879383 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,B64,B8 |
Chr2:24879462 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B34,B70 |
Chr2:24879462 |
CAG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B34,B70 |
Chr2:24879483 |
AAG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B41 |
Chr2:24879483 |
AAG |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr2:24892466 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B76,B95,C1,C46 |
Chr2:24892479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 35 | A1,A13,A19,A20,A23,A8,B104,B113,B115,B126,B128,B131,B2,B20,B21,B24,B36,B69,B71,B76,B87,B92,B93,B94,C2,C22,C3,C32,C49,C53,C73,C82,C85,D1,D11 |
Chr2:24892483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B103,B81,B92,C23 |
Chr2:24892499 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B106,B85,B93,B96,C14,C79 |
Chr2:24892517 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B4,C11 |
Chr2:24892521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B55,B64,C50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791055.1PF00098
zf-CCHC 165-181 aa
PF08284
RVP_2 211-340 aa
PF09668
Asp_protease 233-326 aa
PF13650
Asp_protease_2 234-319 aa
PF13975
gag-asp_proteas 237-323 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 242-340 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791055.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 165 | 181 | 1.1e-05 | 26.0 | Zinc knuckle |
XP_057791055.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 211 | 340 | 5.9e-26 | 91.6 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057791055.1 |
Pfam | PF09668 |
Asp_protease | Domain | 233 | 326 | 5.3e-06 | 27.3 | Aspartyl protease |
XP_057791055.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 234 | 319 | 4e-09 | 37.8 | Aspartyl protease |
XP_057791055.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 237 | 323 | 2.7e-09 | 38.2 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057791055.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 242 | 340 | 6.9e-09 | 36.8 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。