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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001342

染色体: Chr02 坐标: 24995595-24998041 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001342
名称SmilChr02G001342
描述uncharacterized SmilChr02G001342
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向24995595 - 24998041 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007818
GeneID131007818
locus_tag-
NCBI NameLOC131007818
原始查询SmilChr02G001342

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Uncharacterized conserved protein (UCP012943) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835542]; symbol=AT5G54540; hit=AT5G54540; species=arabidopsis; confidence=low
产物Uncharacterized conserved protein (UCP012943) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835542]; symbol=AT5G54540; hit=AT5G54540; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G54540 (AT5G54540)
Uncharacterized conserved protein (UCP012943) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835542]
identity=33.6; qcov=0.833; evalue=1.95e-30; confidence=low
RiceOs08g0179900
-
identity=28.5; qcov=0.814; evalue=2.18e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF27707 (UCP012943)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007818

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057790718.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057790718.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057790718.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057790718.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790718.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:24995830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:24995856 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B16,B34
Chr2:24995856 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B16,B34
Chr2:24996623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr2:24996676 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B115,B126,D4
Chr2:24996676 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 B115,B126,D4
Chr2:24996677 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 17 A1,A11,B110,B139,B14,B19,B60,B63,B96,C2,C35,C41,C50,C66,C75,C84,D6
Chr2:24996730 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 24 A24,B11,B110,B112,B123,B15,B18,B24,B25,B35,B67,B68,B69,B70,B92,B93,C21,C37,C4,C58,C64,C68,C87,D5
Chr2:24996737 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 23 A24,A7,B11,B110,B112,B123,B15,B18,B24,B67,B68,B70,B92,B93,C21,C23,C37,C4,C58,C64,C68,C87,D5
Chr2:24997604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr2:24997621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:24997647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790718.1
311 aa
N
1
156
311
UCP012943
C
PF27707 UCP012943 86-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790718.1 Pfam PF27707 UCP012943 Family 86 304 1.2e-27 97.7 Uncharacterised conserved protein UCP012943

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934735.1
AGAAATTCTATCTAAAATACAATTTGGAATGAATGTTACACGTGTAAATCTTCTGCGCTTCATTTTCCATTTTCCAAATCATTTATCGCCTTATTTATCGTCTCACACCCCAGAGTTTACCCCTCTCTTAAGGAATCGTGATCTCAATTTAGGTTTCCAATTTCCCCATAATTCAAAATTCACTGCTTTCAATCAATTCAAACCATGGGAGGCGGGGCGATGAGAGCTGCGGCGAAGATGGCGGGGTTCACCGCCGCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007818
ATGGGAGGCGGGGCGATGAGAGCTGCGGCGAAGATGGCGGGGTTCACCGCCGCTAGCGGCGGGATCCTCAGTATTACGGCGGAGCACTATTCTGCCACCCGGAAGGCCGCCTCAGCCCATCCGGTGACAGCGGCGTTAGAGGAAATGAAGCTGGTGACCAATAATTCGGAGGCCACCTTGCAGAGGCCGTGTTTGGAATTGGAAGAATGGGTGTTCCCTGACGCGGAGGAGGCGGCGGGTGAGCGGATGCCGAGAGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790718.1
MGGGAMRAAAKMAGFTAASGGILSITAEHYSATRKAASAHPVTAALEEMKLVTNNSEATLQRPCLELEEWVFPDAEEAAGERMPRVVFGGVPTLQEAKEATSELSAALEKTYLSAPNSVENDDSETKACITTQLAVSPSVPAPAITAFKFLNESSMAKNVVASIACDQNVWNAVLQNEDLQQFLQSHTPRDPHRDWTEPVADYDGADQNSSMGSDADYDPKSPTGSSKHSEYEFVGGFVDIIQKMKSSVADMVSNLSGYM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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