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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001360

染色体: Chr02 坐标: 25433017-25435295 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001360
名称SmilChr02G001360
描述uncharacterized SmilChr02G001360
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向25433017 - 25435295 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008188
GeneID131008188
locus_tag-
NCBI NameLOC131008188
原始查询SmilChr02G001360

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=weak
产物aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=37.5; qcov=0.097; evalue=2.4e-06; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791064.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057791064.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057791064.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057791064.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791064.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:25433018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr2:25433027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,D11
Chr2:25433031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:25433038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B33,B79,C36,C82
Chr2:25433039 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B10,B111
Chr2:25433039 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B10,B111
Chr2:25433046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:25433067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:25433076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,B96
Chr2:25433082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr2:25433097 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A15,A18,B105,B107,B122,B128,B20,B32,B33,B39,B71,B89,B90,C2,C20,C21,C23,C26,C48,C5,C65,C76
Chr2:25433112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B57,C30,C51,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935081.1
ATGGCGGAAAATCCAGAAGTAGTAAATGACAACGCCAACAAGACCCTCCGGGATATGATGTTCCCGATCAATTTAAACCTCCGGCCGTCTGCCATCGTGCTACCGGAGATCACTGGAAACTGGGAGCTGAAGCATACGCTGATTCAAATCTTGCCCAAGTACAGTGCTATGCCCGGGGAAGACCCTCAAAGACTCCTTCAGGTTTTTAAGATGGCATGTGGAACAGTGCGCACCGCAAGCCAAGCACTTGGCGAATACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008188
ATGGCGGAAAATCCAGAAGTAGTAAATGACAACGCCAACAAGACCCTCCGGGATATGATGTTCCCGATCAATTTAAACCTCCGGCCGTCTGCCATCGTGCTACCGGAGATCACTGGAAACTGGGAGCTGAAGCATACGCTGATTCAAATCTTGCCCAAGTACAGTGCTATGCCCGGGGAAGACCCTCAAAGACTCCTTCAGGTTTTTAAGATGGCATGTGGAACAGTGCGCACCGCAAGCCAAGCACTTGGCGAATACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791064.1
MAENPEVVNDNANKTLRDMMFPINLNLRPSAIVLPEITGNWELKHTLIQILPKYSAMPGEDPQRLLQVFKMACGTVRTASQALGEYIRLLTFPFSLLEGAREWLYDLSKGSIQTWQELQSKFLEKYFPVARIQNLRTRISNIKMRSGEILYEYWGRFKQMLAKCPQHQILDHDLIRYFMGGFRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAEAFKLIADMAEESRDEEGTIARNPSTQDDKLDKQCNMFEKFMTNHGTSNQGAPNIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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