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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001383

染色体: Chr02 坐标: 26190173-26233315 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001383
名称SmilChr02G001383
描述uncharacterized SmilChr02G001383
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向26190173 - 26233315 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008198
GeneID131008198
locus_tag-
NCBI NameLOC131008198
原始查询SmilChr02G001383

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]; symbol=AT2G20830; hit=AT2G20830; species=arabidopsis; confidence=medium
产物folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]; symbol=AT2G20830; hit=AT2G20830; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G20830 (AT2G20830)
folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]
identity=56.3; qcov=0.594; evalue=9.68e-57; confidence=medium
RiceOs03g0582000 (OJ1785_A05.10)
-
identity=45.9; qcov=0.59; evalue=3.99e-47; confidence=medium
GOGO:0005542 (folic acid binding); GO:0016740 (transferase activity)
KEGG-
PfamPF07837 (FTCD_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008198

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791073.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057791073.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057791073.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057791073.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791073.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:26190181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B8,D10
Chr2:26190193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B61
Chr2:26190200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C87
Chr2:26190204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B90,D4
Chr2:26190211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B90,D4
Chr2:26190221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B101,B104,B82,D11
Chr2:26190277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,D10
Chr2:26190290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C15
Chr2:26190311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C64
Chr2:26190319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:26190357 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 4 B137,B14,C21,C7
Chr2:26190357 T TC 1bp_insertion CDS_variant 4 B137,B14,C21,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791073.1
266 aa
N
1
133
266
FTCD_N
C
PF07837 FTCD_N 65-132 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791073.1 Pfam PF07837 FTCD_N Domain 65 132 4.3e-07 30.6 Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935090.1
ATGGTTGCTGATGATGCTGAATCCTCCAAGGACACAACAGAATCATCTGAATTCGACTCTGACAGCTCAGATGATGAGAAATCTGGAGAAGGCTCAACCTATGAAGCTGACGAGCTTGATCAGCTCATGACTGATCACTGTCAATTGAGAAAAATGTTCAAAAATCACCTCAAGCAGAATCAGATTATGCCTGGAGTTGCTACCTTCTTGTACGGAGCTGCACACGGTGAGGGGAGGTCGCTCGACACAATCAGGAGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008198
ATGGTTGCTGATGATGCTGAATCCTCCAAGGACACAACAGAATCATCTGAATTCGACTCTGACAGCTCAGATGATGAGAAATCTGGAGAAGGCTCAACCTATGAAGCTGACGAGCTTGATCAGCTCATGACTGATCACTGTCAATTGAGAAAAATGTTCAAAAATCACCTCAAGCAGAATCAGATTATGCCTGGAGTTGCTACCTTCTTGTACGGAGCTGCACACGGTGAGGGGAGGTCGCTCGACACAATCAGGAGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791073.1
MVADDAESSKDTTESSEFDSDSSDDEKSGEGSTYEADELDQLMTDHCQLRKMFKNHLKQNQIMPGVATFLYGAAHGEGRSLDTIRRELGYFKRNADGNQWVGSLQSETLQPKPDEGPPRDVSRKGVVVVGATQWVKNYNVPIFSTDMAVVRRIAKRISGRGGGLPSVQSMALAHGKGMIEVDCNQLDTSKAGGEDVQRAVECLAREEGMDVGEGYYTDLSQNQKKFICFFDVVYGDVEAGLGGGPCGGSGGSGLELRGTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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