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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001398

染色体: Chr02 坐标: 26565061-26567269 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001398
名称SmilChr02G001398
描述UPF0496 protein At4g34320-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向26565061 - 26567269 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007641
GeneID131007641
locus_tag-
NCBI NameLOC131007641
原始查询SmilChr02G001398

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UPF0496 protein At4g34320-like
产物UPF0496 protein At4g34320-like
ArabidopsisAT4G34320 (AT4G34320)
transmembrane protein, putative (DUF677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829582]
identity=33.1; qcov=0.916; evalue=2.5e-14; confidence=low
RiceOs03g0199100
-
identity=31.8; qcov=0.921; evalue=4.46e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05055 (DUF677)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057790534.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057790534.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057790534.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790534.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790534.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:26566368 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B44
Chr2:26566368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr2:26566379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B100,C82
Chr2:26566400 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 27 A10,A14,A16,B134,B136,B20,B26,B3,B38,B44,B69,B71,B77,B79,B84,B86,C10,C11,C17,C22,C41,C48,C6,C72,C8,C83,C87
Chr2:26566402 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 C41,C48
Chr2:26566402 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 C41,C48
Chr2:26566403 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 6 A10,B3,B38,B77,C6,C87
Chr2:26566452 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 4 B111,B47,B82,C76
Chr2:26566452 C CGA 2bp_insertion CDS_variant 4 B111,B47,B82,C76
Chr2:26566460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:26566619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B78,B91,D11
Chr2:26566699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790534.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
XP_057790535.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
XP_057790536.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
XP_057790537.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
XP_057790538.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
XP_057790539.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
XP_057790540.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
XP_057790541.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
XP_057790542.1
191 aa
N
1
96
191
DUF677
C
PF05055 DUF677 42-152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790534.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)
XP_057790535.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)
XP_057790536.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)
XP_057790537.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)
XP_057790538.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)
XP_057790539.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)
XP_057790540.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)
XP_057790541.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)
XP_057790542.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 42 152 3.8e-18 66.2 Protein of unknown function (DUF677)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934552.1
AAAGTACAAAAGTACCCCCACTTAAAAATTGTACTCCAGATCTCGCGATGGACGGTGTCGAACTCGACTGCGAAGATGGCGGTGGCTGACGGACGACGCGATGACGACGAAGATGGCGACGTTCTCTTCGAGGAAGAAGGCGTGGACTTCGCTGAGGACATCGACCATTTCGATACACCTATTCATCTCCGTCCCCTCGTTTCCGCTGCCGAGTCTGGCGATCTCAACGCCCTCCGCCAAGCCCTAGGTTTTGAATATGT...
XM_057934557.1
AAAGTACAAAAGTACCCCCACTTAAAAATTGTACTCCAGATCTCGCGATGGACGGTGTCGAACTCGACTGCGAAGATGGCGGTGGCTGACGGACGACGCGATGACGACGAAGATGGCGACGTTCTCTTCGAGGAAGAAGGCGTGGACTTCGCTGAGGACATCGACCATTTCGATACACCTATTCATCTCCGTCCCCTCGTTTCCGCTGCCGAGTCTGGCGATCTCAACGCCCTCCGCCAAGCCCTAGCTTCTTCTACAAA...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131007641
ATGAGGATGAGAGTTGTGATGATGCAGGAGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGCAGCGGAGTTCTGCGCAACACTCCAACAACGCCTCAACCCTACAAATAACTCTCCATCGACTTTCGATCTCCAATGAGAAGCTCCATCGCATCAATACTTGGAAGAAGATATCCGTCGTCTTCTTCACGGCCGCAGCCGCAATCGCTGCCACAGTAGCCGCCATCAATGCCAATACCAATAAGCCGGCGGCTGCTGCGGCGGCGGCGGC...
LOC131007641
ATGAGGATGAGAGTTGTGATGATGCAGGAGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGCAGCGGAGTTCTGCGCAACACTCCAACAACGCCTCAACCCTACAAATAACTCTCCATCGACTTTCGATCTCCAATGAGAAGCTCCATCGCATCAATACTTGGAAGAAGATATCCGTCGTCTTCTTCACGGCCGCAGCCGCAATCGCTGCCACAGTAGCCGCCATCAATGCCAATACCAATAAGCCGGCGGCTGCTGCGGCGGCGGCGGC...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057790534.1
MRMRVVMMQEVAVVVVVQRSSAQHSNNASTLQITLHRLSISNEKLHRINTWKKISVVFFTAAAAIAATVAAINANTNKPAAAAAAAASILLVALGKWIDALMRLRESGVKKQKQIIGVMTIGARITMKDLSNIYVLSRRLQFTIDSISETVAMINKSFQNLRRKADEYRRNLNWTRQVVLQSIGAPNMVIN
XP_057790535.1
MRMRVVMMQEVAVVVVVQRSSAQHSNNASTLQITLHRLSISNEKLHRINTWKKISVVFFTAAAAIAATVAAINANTNKPAAAAAAAASILLVALGKWIDALMRLRESGVKKQKQIIGVMTIGARITMKDLSNIYVLSRRLQFTIDSISETVAMINKSFQNLRRKADEYRRNLNWTRQVVLQSIGAPNMVIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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