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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001422

染色体: Chr02 坐标: 26826653-26827854 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001422
名称SmilChr02G001422
描述uncharacterized SmilChr02G001422
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向26826653 - 26827854 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008205
GeneID131008205
locus_tag-
NCBI NameLOC131008205
原始查询SmilChr02G001422

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=23.4; qcov=0.655; evalue=5.82e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008205

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791080.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791080.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057791080.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057791080.1
5 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057791080.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:26826665 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 38 A13,A22,A23,A24,A9,B128,B13,B140,B15,B19,B28,B35,B36,B37,B39,B40,B43,B47,B64,B70,B76,B96,B99,C15,C2,C28,C3,C31,C32,C37,C40,C58,C60,C65,C67,C68,C71,D7
Chr2:26826683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:26826687 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 85 A10,A15,A19,A20,A25,A3,A6,B1,B102,B105,B106,B109,B11,B110,B111,B120,B123,B125,B131,B133,B134,B136,B16,B17,B18,B2,B29,B36,B39,B41,B42,B43,B44,B45,B51,B52,B54,B55,B58,B59,B6,B61,B63,B66,B72,B74,B75,B76,B79,B83,B85,B90,B91,B92,B95,C1,C15,C17,C19,C2,C20,C23,C25,C3,C31,C32,C34,C36,C38,C39,C41,C42,C52,C53,C60,C61,C64,C68,C81,C82,C85,C86,D2,D6,D7
Chr2:26826690 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 85 A10,A15,A19,A20,A25,A3,A6,B1,B102,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B111,B120,B123,B125,B131,B133,B134,B136,B16,B17,B18,B2,B29,B36,B39,B41,B42,B43,B44,B45,B51,B52,B54,B55,B58,B59,B6,B61,B63,B66,B72,B74,B75,B76,B79,B83,B85,B90,B91,B92,B95,C1,C15,C17,C19,C2,C20,C23,C25,C3,C31,C32,C34,C36,C38,C39,C41,C50,C53,C60,C61,C64,C68,C81,C82,C85,C86,D2,D6,D7
Chr2:26826700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B125,B74
Chr2:26826729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C4
Chr2:26826756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B95,C8
Chr2:26826766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C49
Chr2:26826781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:26826782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr2:26826796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C49
Chr2:26826816 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B120

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935097.1
ATGGACATCAAACAGGATCAAAATGAAACACTACGGAAGTATACCGCCCGGTTCAATCTCGCTGCTCTGGAGGTGCCAGAGGCGGAGTCACAGATAAAGAATTGTGCATATGTCAAAGGATTGAAGCCGGGGCTTTTCTACGACGAATTACAAATCAGACCAGCAAGAGATTTCGATAATATCATGGCAAGGTTACCAGGGTATTTACAGTTGGAGGATGCCCGGATGGCGCGAAAGGCTGAAAATGATAAACATAAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008205
ATGGACATCAAACAGGATCAAAATGAAACACTACGGAAGTATACCGCCCGGTTCAATCTCGCTGCTCTGGAGGTGCCAGAGGCGGAGTCACAGATAAAGAATTGTGCATATGTCAAAGGATTGAAGCCGGGGCTTTTCTACGACGAATTACAAATCAGACCAGCAAGAGATTTCGATAATATCATGGCAAGGTTACCAGGGTATTTACAGTTGGAGGATGCCCGGATGGCGCGAAAGGCTGAAAATGATAAACATAAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791080.1
MDIKQDQNETLRKYTARFNLAALEVPEAESQIKNCAYVKGLKPGLFYDELQIRPARDFDNIMARLPGYLQLEDARMARKAENDKHKAKRAEAAPEQNNRNQDRAPFRGLPPRNQSFFWAPSTYKDGQPQQGPNNKLCEYHNAYGHYTRYCGHLKHQLEFLVRQGNLDQFIARGNEGQGQPPQGNDHRQVQGNDRDRCPEENRDQHRGAMQGRAPPHPPRREVHMIFGENGIPTSNRAKKQVVRVVRSGYYPKQVMVTGTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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