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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001425

染色体: Chr02 坐标: 26915291-26916539 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001425
名称SmilChr02G001425
描述ADP,ATP carrier protein 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向26915291 - 26916539 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008207
GeneID131008207
locus_tag-
NCBI NameLOC131008207
原始查询SmilChr02G001425

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ADP,ATP carrier protein 1, chloroplastic-like
产物ADP%2CATP carrier protein 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G80300 (NTT1)
nucleotide transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844370]
identity=83.8; qcov=0.751; evalue=4.08e-80; confidence=high
RiceOs02g0208100 (OsNTT2)
-
identity=80.6; qcov=0.709; evalue=2.29e-67; confidence=high
GOGO:0005471 (ATP:ADP antiporter activity); GO:0006862 (nucleotide transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03219 (TLC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008207

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057791082.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057791082.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057791082.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057791082.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791082.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:26915625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B43,B90,B92
Chr2:26915721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,D8
Chr2:26916111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:26916185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791082.1
189 aa
N
1
94
189
TLC
C
PF03219 TLC 3-138 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791082.1 Pfam PF03219 TLC Family 3 138 4.5e-50 171.6 TLC ATP/ADP transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935099.1
TTTGCCTCAGTCGATCCGGCGCTGCCTCTTTCCCTGCCCTAACTCTTCCTCTTAAATCTGAAATCGTCGCCGCCGTGGTTCCGAAATCTCAGGCGACGTTGTCGCCCCAAAGCCGACGTTGCTCTGCCTGAAAACGCCGCCACCGCCGCGCACAGAGTCGCTGCTGCTATCTCTCAGATTTAGGGGAGGCCGCTCAAAATTGAGCCTTAATTCTCCCCCTTCCAGATCGAGCCTTAGCTCTTCTCCTGCCGATTCAGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008207
ATGAGCAGCTATATCCACCCCACAACTCTTGCTGACAATCTTTTGAACATTCTTGGTCCGAGGTTTCTTGGCCCTCTTGCTATTTTGAGGATATGGAGTTTCTGTTTGTTCTATGTCATGGCTGAGCTTTGGGGTAGTGTGGTTGTATCAGTTCTATTTTGGGGATTTGCTAATCAGATTACCACTGTTGATGAAGCCAAGAAATTCTATCCCCTGTTTGGGCTCGGAGCAAATGTGGTGCTCATCTTCTCTGGTCGAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791082.1
MSSYIHPTTLADNLLNILGPRFLGPLAILRIWSFCLFYVMAELWGSVVVSVLFWGFANQITTVDEAKKFYPLFGLGANVVLIFSGRTVKYFSKLRENLGPGVDGWAVSLKGMMSIVVLMGLVICFLYWWVNHNVPLLNFEQNFLSLKAAMRYYHWPHRLLVEARDSGGGSYSKAVSFDMNMVSLWMETR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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