Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001462`

染色体: Chr02 坐标: 27322745-27323768 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001462`
名称	SmilChr02G001462
描述	guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	27322745 - 27323768 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007694`
GeneID	`131007694`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007694`
原始查询	`SmilChr02G001462`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
产物	guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
Arabidopsis	`AT1G18080` (ATARCA) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838388] identity=74.1; qcov=1.03; evalue=4.41e-174; confidence=high
Rice	`Os05g0552300` (OsWD40-122) - identity=68.1; qcov=1.04; evalue=5.66e-159; confidence=high
GO	GO:0001934 (positive regulation of protein phosphorylation); GO:0005080 (protein kinase C binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0043022 (ribosome binding); GO:0045182 (translation regulator activity); GO:0072344 (rescue of stalled cytosolic ribosome)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007694

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790609.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057790609.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057790609.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790609.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790609.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:27322834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B137
`Chr2:27322852`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B26
`Chr2:27322864`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B26
`Chr2:27322873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,B74
`Chr2:27323008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:27323048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,C74
`Chr2:27323314`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B17,B69,B85,C42,C87
`Chr2:27323410`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr2:27323410`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr2:27323645`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C24
`Chr2:27323645`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790609.1

313 aa

156

313

WD40

PF00400 WD40 11-46 aa PF00400 WD40 59-94 aa PF00400 WD40 102-136 aa PF00400 WD40 140-182 aa PF00400 WD40 187-218 aa PF00400 WD40 237-263 aa PF00400 WD40 285-309 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790609.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	11	46	3.9e-54	179.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057790609.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	59	94	3.9e-54	179.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057790609.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	102	136	3.9e-54	179.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057790609.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	140	182	3.9e-54	179.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057790609.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	187	218	3.9e-54	179.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057790609.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	237	263	3.9e-54	179.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057790609.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	285	309	3.9e-54	179.5	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934626.1
TTGATCGGCTGCTTCTCTTCTCGAAAACCCCCGAACCAAACCCTAGTAGCAGTCATGGCAATGGGGCAGGAAGAACTCGTCCTCCGCGGCACAATGCGCGGCCACACCGACTGGGTGACGGCCATCGCCGCCCCCATGGACAACTCCGACACCATCGTCACCGCCTCCCGCGACAAATCCCTAATCCTCTGGACTCTCACCAAAGAGGACAGCACGTTCGGCGTGGCGACCCGCCGCTTGATCGGCCACTCGCACTTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007694
ATGGCAATGGGGCAGGAAGAACTCGTCCTCCGCGGCACAATGCGCGGCCACACCGACTGGGTGACGGCCATCGCCGCCCCCATGGACAACTCCGACACCATCGTCACCGCCTCCCGCGACAAATCCCTAATCCTCTGGACTCTCACCAAAGAGGACAGCACGTTCGGCGTGGCGACCCGCCGCTTGATCGGCCACTCGCACTTTGTCCAGGACGTCGTCCTCTCCTCTGACGGCCAATTCGCCCTCTCCGGCTCATGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790609.1
MAMGQEELVLRGTMRGHTDWVTAIAAPMDNSDTIVTASRDKSLILWTLTKEDSTFGVATRRLIGHSHFVQDVVLSSDGQFALSGSWDDELRLWDLQTGDTARRFVGQTKDVLSVAFSADNRQIVSASRDKTIKLWNTLGECKYTIQGGKSHKDWVSCVRFSPDNTQPTLVSGSWDKSVKVWNLTNCKLRATLTCHTGYVNTVAVSPDGSLCASGGQDGIFLWNLSDGKMLHWLEAGSIVNALCFSPNRYWLCAATESGIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器