当前解析结果
SmilChr02G001473| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001473 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001473 |
| 描述 | BURP domain-containing protein BNM2C-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 27504803 - 27506267 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007695 |
|---|---|
| GeneID | 131007695 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007695 |
| 原始查询 | SmilChr02G001473 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BURP domain-containing protein BNM2C-like |
| 产物 | BURP domain-containing protein BNM2C-like |
| Arabidopsis | AT1G49320 (USPL1)- identity=40.2; qcov=0.827; evalue=4.08e-54; confidence=medium |
| Rice | Os01g0733500 (RD22)- identity=43.8; qcov=0.841; evalue=5.7e-59; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03181 (BURP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007695 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057790610.1 |
| 2 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057790610.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790610.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790610.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790610.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:27505402 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr2:27505440 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:27505834 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A18,B109,B131,B24,B40,B9,C22,C49,C78,C79,C8,D2,D5 |
Chr2:27505841 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B134,B2 |
Chr2:27505887 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B93,C12,C22,C54 |
Chr2:27506055 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C48 |
Chr2:27506055 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790610.1PF03181
BURP 53-270 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790610.1 |
Pfam | PF03181 |
BURP | Family | 53 | 270 | 3.4e-77 | 259.6 | BURP domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。