Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001482`

染色体: Chr02 坐标: 27763360-27765536 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001482`
名称	SmilChr02G001482
描述	uncharacterized SmilChr02G001482
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	27763360 - 27765536 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008220`
GeneID	`131008220`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008220`
原始查询	`SmilChr02G001482`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=26.4; qcov=0.823; evalue=1.6e-52; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=34.2; qcov=0.819; evalue=3.21e-83; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791096.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791096.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791096.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791096.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057791096.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:27763391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr2:27763427`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B122
`Chr2:27763428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr2:27763443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B115,C45
`Chr2:27763443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,C45
`Chr2:27763463`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,C45
`Chr2:27763478`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B17,B31,B59,C69
`Chr2:27763478`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B17,B31,B59,C69
`Chr2:27763481`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B1,B5
`Chr2:27763482`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr2:27763505`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr2:27763604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791096.1

640 aa

320

640

MULE

SWIM

PF10551 MULE 137-224 aa PF04434 SWIM 376-407 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791096.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	137	224	8.7e-14	52.4	MULE transposase domain
`XP_057791096.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	376	407	1e-07	32.0	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935113.1
ATGGCTGTGAAGACCTTGGTTTTAGAGCATGATTGTTACCAACAAAGGGAGGTGCCAAGTATGACCCAAACTTTCTTGGCAAACCATTTCAAAGAGAGACTTTACAAAGATCCAAAGTTCTCTGCCAAGCAGATTCAGGAAGAAGTCCAAACTTATTTCAAGCTTCATGTATCCCTGTTCAAATGCAAAAGAGCAAGGAAGATTATTTTAACAGAGCTCAATGGGAGCCATATCAACGAATTCAGGATGCTTGAGGCTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008220
ATGGCTGTGAAGACCTTGGTTTTAGAGCATGATTGTTACCAACAAAGGGAGGTGCCAAGTATGACCCAAACTTTCTTGGCAAACCATTTCAAAGAGAGACTTTACAAAGATCCAAAGTTCTCTGCCAAGCAGATTCAGGAAGAAGTCCAAACTTATTTCAAGCTTCATGTATCCCTGTTCAAATGCAAAAGAGCAAGGAAGATTATTTTAACAGAGCTCAATGGGAGCCATATCAACGAATTCAGGATGCTTGAGGCTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791096.1
MAVKTLVLEHDCYQQREVPSMTQTFLANHFKERLYKDPKFSAKQIQEEVQTYFKLHVSLFKCKRARKIILTELNGSHINEFRMLEAYIDILKETNPRSLCELQLSKDGEAEGKRVFRRLFVMLDACKRNWLAGCRPIICLDGYHLKSISGGVLLTAVGKDANEQIMPLAWAMVSKENKVHWTWFMQWLKSELELGEGDRGLINAVETTLPNAEHRWCARHIYANWSKNWRGPELTKQFWICAWSTYEEDFKQNLTKIGDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器