当前解析结果
SmilChr02G001487| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001487 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001487 |
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 27840192 - 27840728 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007700 |
|---|---|
| GeneID | 131007700 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007700 |
| 原始查询 | SmilChr02G001487 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290 |
| 产物 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290 |
| Arabidopsis | AT4G27290 (AT4G27290)S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828837] identity=47.2; qcov=1.01; evalue=3.13e-43; confidence=medium |
| Rice | Os03g0556600- identity=42.8; qcov=1.05; evalue=1.57e-37; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01453 (B_lectin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007700 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057790615.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057790615.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057790615.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790615.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790615.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:27840201 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr2:27840279 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,D3 |
Chr2:27840280 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,D3 |
Chr2:27840535 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr2:27840557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B31 |
Chr2:27840691 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr2:27840691 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:27840713 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr2:27840720 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790615.1PF01453
B_lectin 41-142 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790615.1 |
Pfam | PF01453 |
B_lectin | Repeat | 41 | 142 | 4.5e-33 | 114.6 | D-mannose binding lectin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。