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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001494

染色体: Chr02 坐标: 27886473-27887296 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001494
名称SmilChr02G001494
描述cysteine-rich receptor-like protein kinase 8
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向27886473 - 27887296 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007704
GeneID131007704
locus_tag-
NCBI NameLOC131007704
原始查询SmilChr02G001494

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cysteine-rich receptor-like protein kinase 8
产物cysteine-rich receptor-like protein kinase 8
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=50; qcov=0.867; evalue=6.11e-40; confidence=medium
RiceOs01g0784700
-
identity=48; qcov=1.08; evalue=1.2e-39; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007704

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790620.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057790620.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790620.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790620.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:27886642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C12,C22,C54
Chr2:27886693 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A21
Chr2:27886693 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A21
Chr2:27886719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91
Chr2:27886800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:27886973 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B108
Chr2:27886973 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B108
Chr2:27886987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B45,C42,C82
Chr2:27887056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,C47,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790620.1
143 aa
N
1
72
143
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1-102 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790620.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1 102 3e-06 27.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934637.1
AGGGATCTAAAGACGAGCAATATTCTACTAGATGGAGATTTGAATCCGAAGATCTCAGACTTTGGATTAGCAAGAATTTTTGGAGATGACCAATCTATTGCTAAAACAAAACGAGTTATTGGGACCTATGGCTATATGGCTCCAGAATACGCTATTGATGGGAAGTATTCGGTGAAATCGGACATCTTTGCCTTGGGAGTGATACTGTTAGAGATTGTGAGTGGAAAGAAGAACAGTGGCTTCGATCACTGTGATCACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007704
ATGGCTCCAGAATACGCTATTGATGGGAAGTATTCGGTGAAATCGGACATCTTTGCCTTGGGAGTGATACTGTTAGAGATTGTGAGTGGAAAGAAGAACAGTGGCTTCGATCACTGTGATCACTATCACAGCCTTTTGGGACATGCATGGTTACTGTGGAAAGAAAACAACATTCTGGAGCTAATGGATGAATGTTTGAGCAATACATTTATCGAATCTCAAGTGAAGAGATGCATACACGTCGGGTTATTATGTGTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790620.1
MAPEYAIDGKYSVKSDIFALGVILLEIVSGKKNSGFDHCDHYHSLLGHAWLLWKENNILELMDECLSNTFIESQVKRCIHVGLLCVQKFVEDRPDISSVVSMLGGDGAILPEPKEPGFFAERSPSCRTRSCEDTFTITELEAR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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