Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001497`

染色体: Chr02 坐标: 27902189-27903502 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001497`
名称	SmilChr02G001497
描述	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	27902189 - 27903502 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007683`
GeneID	`131007683`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007683`
原始查询	`SmilChr02G001497`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290
产物	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290
Arabidopsis	`AT4G27290` (AT4G27290) S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828837] identity=37.2; qcov=1.01; evalue=1.02e-86; confidence=medium
Rice	`Os07g0550500` - identity=39.6; qcov=0.954; evalue=5.57e-86; confidence=medium
GO	GO:0048544 (recognition of pollen)
KEGG	-
Pfam	PF00954 (S_locus_glycop); PF01453 (B_lectin); PF08276 (PAN_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057790599.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057790599.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057790599.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790599.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790599.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:27902435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B45,C82
`Chr2:27902466`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:27902509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr2:27902597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr2:27902767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B47,B79,B8,C35
`Chr2:27902768`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,C65,C8
`Chr2:27902784`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C65
`Chr2:27902870`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	20	A15,A19,B131,B32,B43,B51,B53,B58,B66,B72,B74,B82,B98,C17,C18,C20,C22,C5,C85,D8
`Chr2:27902873`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B112,B83,D3,D9
`Chr2:27902873`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B112,B83,D3,D9
`Chr2:27902874`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	20	A15,A19,B131,B32,B43,B51,B53,B58,B66,B72,B74,B82,B98,C17,C18,C20,C22,C5,C85,D8
`Chr2:27902879`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B112,B83,D3,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790599.1

437 aa

218

437

B_lectin

S_locus_glycop

PAN_2

PF01453 B_lectin 57-159 aa PF00954 S_locus_glycop 191-300 aa PF08276 PAN_2 322-388 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790599.1`	Pfam	`PF01453`	B_lectin	Repeat	57	159	2e-29	102.8	D-mannose binding lectin
`XP_057790599.1`	Pfam	`PF00954`	S_locus_glycop	Domain	191	300	4.9e-22	79.3	S-locus glycoprotein domain
`XP_057790599.1`	Pfam	`PF08276`	PAN_2	Domain	322	388	4.2e-18	65.9	PAN-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934616.1
ATGTTTCTAAGAATCACTATTTCTGTAGATACACTTCTCCCGAACCAAACAATTGGCATTGGGCAGACTTTGGTTAGTGAAAACCAAATTTTCGAGTTGCAATTTTTCAGCCCTGGAAAATCCAGCAATATGTTCTTGGGAATACGGTACAAAAGCACACCAGATGTTGTAGTTTGGGTTGCAAACAGAAACGATCCCATCACTGATTCACAAGGAGTGGTGTTGGCTACTTCTGGAAATGGAAGTGTTGTTATAAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007683
ATGTTTCTAAGAATCACTATTTCTGTAGATACACTTCTCCCGAACCAAACAATTGGCATTGGGCAGACTTTGGTTAGTGAAAACCAAATTTTCGAGTTGCAATTTTTCAGCCCTGGAAAATCCAGCAATATGTTCTTGGGAATACGGTACAAAAGCACACCAGATGTTGTAGTTTGGGTTGCAAACAGAAACGATCCCATCACTGATTCACAAGGAGTGGTGTTGGCTACTTCTGGAAATGGAAGTGTTGTTATAAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790599.1
MFLRITISVDTLLPNQTIGIGQTLVSENQIFELQFFSPGKSSNMFLGIRYKSTPDVVVWVANRNDPITDSQGVVLATSGNGSVVISRDGSVIWSGNPSGVASNPVLQLLDTGNLVVVDETTRGYIWQSFDYPVDTWLPGMKLVADDMDGGGETYLTSWRNSDDPSPGDIVFRIVNQGMPELVAYRGENKVFRSGQWNGIRFSSTPPSDNNVFKAKFELRGDRLISMTRSYESSIFVIVRSKLDASGELQRLTMNSQGDMW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器