当前解析结果
SmilChr02G001517| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001517 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001517 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001517 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 28277010 - 28278798 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007696 |
|---|---|
| GeneID | 131007696 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007696 |
| 原始查询 | SmilChr02G001517 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27773 (At5g23160) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007696 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057790611.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057790611.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.40000 | XP_057790611.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790611.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790611.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:28277285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B42,B43,C50 |
Chr2:28277330 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr2:28278350 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A13 |
Chr2:28278382 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr2:28278477 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B31 |
Chr2:28278477 |
AAT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr2:28278490 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790611.1PF27773
At5g23160 182-218 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790611.1 |
Pfam | PF27773 |
At5g23160 | Domain | 182 | 218 | 2.1e-08 | 34.1 | At5g23160 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。