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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001521

染色体: Chr02 坐标: 28319377-28325595 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001521
名称SmilChr02G001521
描述diacylglycerol kinase 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向28319377 - 28325595 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007681
GeneID131007681
locus_tag-
NCBI NameLOC131007681
原始查询SmilChr02G001521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述diacylglycerol kinase 1-like
产物diacylglycerol kinase 1-like
ArabidopsisAT2G20900 (DGK5)
diacylglycerol kinase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816624]
identity=66.5; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0634700 (OsBIDK1)
-
identity=70; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004143 (ATP-dependent diacylglycerol kinase activity); GO:0007205 (GO:0007205)
KEGGsmil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00609 (DAGK_acc); PF00781 (DAGK_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790597.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057790597.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057790597.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057790597.1
5 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057790597.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:28322005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:28323169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:28324021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D3
Chr2:28324444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:28325366 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B84,C43,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790597.1
511 aa
N
1
256
511
DAGK_cat
DAGK_acc
C
PF00781 DAGK_cat 63-187 aa PF00609 DAGK_acc 255-429 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790597.1 Pfam PF00781 DAGK_cat Family 63 187 1.7e-20 73.6 Diacylglycerol kinase catalytic domain
XP_057790597.1 Pfam PF00609 DAGK_acc Family 255 429 4.1e-37 128.7 Diacylglycerol kinase accessory domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934614.1
AACAACAAAAATAATGATAACTGAATTAACCATTCAATAAAGTCGGGCCGCGGGCCTACTCGTAGGGGTTAGAATCCGATATGTATAAAAGAAAATTACGGGTCCCATTTGCCGCGCTCAAAGCTTCTGATTCTAATTGTTGATTGCATATTCCACCCTTTTTCTTCCGTCTACGAGCAGTTGATTTATAACCTACGAATCCTTGCAGCAAATGCATTCCTCACCCACTCCCTTTTCTCTCTCTCCTTTTCTATTCACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007681
ATGGTCGAATCGGTGATTATGAGTCAGGAGCTGAGGCAATCGTTTCGTAGAATCTTCATTAAAAATGAAGAAGCTGTGGTTGGTAATTCAGAAGCAGTAGGAATTTTGAAGGATTATTACATTCCAGATTACATACTTCTTCCTGATTCAGAAATTGAACAACAACCTGATGTTCCTGAATGTCCTCTGATTGTATTTATCAACACAAAAAGTGGCGGGCAGTTGGGAAGTGAACTTTTACTAACATGTCGTAGTCTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790597.1
MVESVIMSQELRQSFRRIFIKNEEAVVGNSEAVGILKDYYIPDYILLPDSEIEQQPDVPECPLIVFINTKSGGQLGSELLLTCRSLLNENQVFDLGEKAPDKMLHQLYFNLEKHKQNGDQFSAEIQRRLRIIVAGGDGTAGWLLGVVSDLKLAHPPPIATMPLGTGNNLPFSFGWGRRNPGTDCQSVKLFLKKVKDAKEMKIDSWHILMRMRTPKEGSYEPLAPLNLPHSLHAFKRVSATDEMNEEGYHTFRGGFWNYFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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