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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001525

染色体: Chr02 坐标: 28381092-28381587 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001525
名称SmilChr02G001525
描述uncharacterized SmilChr02G001525
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向28381092 - 28381587 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007711
GeneID131007711
locus_tag-
NCBI NameLOC131007711
原始查询SmilChr02G001525

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Wound-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826618]; symbol=AT4G10265; hit=AT4G10265; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Wound-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826618]; symbol=AT4G10265; hit=AT4G10265; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G10265 (AT4G10265)
Wound-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826618]
identity=62.6; qcov=1.01; evalue=1.02e-32; confidence=medium
RiceOs04g0635100
-
identity=54.8; qcov=1.02; evalue=3.75e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF12609 (DUF3774)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007711

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057790629.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057790629.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.40000 XP_057790629.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790629.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790629.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:28381285 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 3 A11,B53,C17
Chr2:28381285 G GGA 2bp_insertion CDS_variant 3 A11,B53,C17
Chr2:28381306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C17
Chr2:28381341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:28381352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B43,C10,C3,C50
Chr2:28381438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:28381513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790629.1
82 aa
N
1
41
82
DUF3774
C
PF12609 DUF3774 10-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790629.1 Pfam PF12609 DUF3774 Family 10 81 1.8e-32 112.9 Wound-induced protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934646.1
AAACTGGGGGCCAAAACTACCCATCTTTCATCTTTCCTTTCTATCCTAAGATATTCTCCCATTATATATTGCTACCATCACCACCACAAACAATCAAACAACTTGCACTATTAAATTCTCCATTACTCTTCAGTTATTCAAACCCTAATTTCCATACATATTATCTTCTGCAAATAAGAAATGAGTTCGTCGAGGAGAGCTTGGTTGGTAGCGGCGAGCGTCGGAGCAGTAGAAGCACTGAAAGATCAGGGATTTTGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007711
ATGAGTTCGTCGAGGAGAGCTTGGTTGGTAGCGGCGAGCGTCGGAGCAGTAGAAGCACTGAAAGATCAGGGATTTTGCCGGTGGAATTATGGTTTCCGAAATGTCCAGCAGCACGCCAAGGCAAATCTCAGATCTTACATTCAGGCCAAAAATCTCTCCTCTGCGGCGGTGACGCCGACAAAGCAGTTGAAGCAGTCGGAGGAGTCTCTTAGAAAAGTCATGTACTTAAGCTGTTGGGGCCCCAATTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790629.1
MSSSRRAWLVAASVGAVEALKDQGFCRWNYGFRNVQQHAKANLRSYIQAKNLSSAAVTPTKQLKQSEESLRKVMYLSCWGPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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