Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001528

染色体: Chr02 坐标: 28476920-28477391 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001528
名称SmilChr02G001528
描述uncharacterized SmilChr02G001528
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向28476920 - 28477391 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007710
GeneID131007710
locus_tag-
NCBI NameLOC131007710
原始查询SmilChr02G001528

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Wound-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826618]; symbol=AT4G10265; hit=AT4G10265; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Wound-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826618]; symbol=AT4G10265; hit=AT4G10265; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G10265 (AT4G10265)
Wound-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826618]
identity=59.5; qcov=1.01; evalue=2.62e-29; confidence=medium
RiceOs04g0635100
-
identity=51.2; qcov=1.01; evalue=3.93e-22; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF12609 (DUF3774)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007710

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057790628.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057790628.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790628.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790628.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790628.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:28477038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,B84
Chr2:28477040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,B84
Chr2:28477049 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 13 A11,B28,B42,B43,B53,B58,B66,B72,B93,C12,C17,C22,C54
Chr2:28477144 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 38 A13,A25,A6,B10,B105,B114,B119,B120,B123,B128,B129,B134,B21,B24,B27,B47,B49,B60,B61,B64,B66,B73,B79,B8,B81,C15,C20,C29,C31,C35,C38,C39,C4,C47,C55,C63,C76,D9
Chr2:28477157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:28477268 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 7 A7,B32,B72,C32,C68,C81,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790628.1
83 aa
N
1
42
83
DUF3774
C
PF12609 DUF3774 10-82 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790628.1 Pfam PF12609 DUF3774 Family 10 82 7.3e-31 107.8 Wound-induced protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934645.1
CTTATATCCTACCATCACCACCACAAAAAATCAAACAACTAGCACTATTAAATTCTCTATTCCGCTTCAATTATTCAAATCCTAATTTCTATACATATTATCTTCTGCAAATACAAATGAGTTCGTCAAGGAGAGCTTGGTTGGTAGCGGTGAGCGTTGGAGCAGTAGAAGCACTGAAAGATCAGGGATTTTGCCGATGGAATTATGGTTTCCGAGTTGTCCAGCAGCACGCCAAGGCAAATCTCAGATCTTACATTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007710
ATGAGTTCGTCAAGGAGAGCTTGGTTGGTAGCGGTGAGCGTTGGAGCAGTAGAAGCACTGAAAGATCAGGGATTTTGCCGATGGAATTATGGTTTCCGAGTTGTCCAGCAGCACGCCAAGGCAAATCTCAGATCTTACATTCAGGCCAAAAAACTCTCATCTACGGCGGTGATGCCGACAAAGGGGCAAGACCAACAGTCGGAGGAGTCTCTTAGGAAAGTCATGTACTTAAGTTGTTGGGCTCCCACTTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790628.1
MSSSRRAWLVAVSVGAVEALKDQGFCRWNYGFRVVQQHAKANLRSYIQAKKLSSTAVMPTKGQDQQSEESLRKVMYLSCWAPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器