Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001548

染色体: Chr02 坐标: 28775093-28778230 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001548
名称SmilChr02G001548
描述protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向28775093 - 28778230 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013214
GeneID131013214
locus_tag-
NCBI NameLOC131013214
原始查询SmilChr02G001548

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1, chloroplastic-like
产物protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G23040 (CDF1)
cell growth defect factor-like protein (DUF3353) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832368]
identity=71.8; qcov=0.861; evalue=7.86e-115; confidence=high
RiceOs09g0380200 (OsV5A)
-
identity=65.2; qcov=0.789; evalue=2.01e-92; confidence=high
GOGO:0031969 (chloroplast membrane)
KEGG-
PfamPF11833 (CPP1-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013214

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057797266.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057797266.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057797269.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797266.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797266.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:28775834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B104,B131,B46
Chr2:28775877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B98,D4
Chr2:28775986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B98
Chr2:28776012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:28776520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr2:28776794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B104,B131,B46
Chr2:28776838 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B138,B90,B92,C21,C73
Chr2:28776838 CG C 1bp_deletion CDS_variant 5 B138,B90,B92,C21,C73
Chr2:28776845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C1,C46
Chr2:28778087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797266.1
253 aa
N
1
126
253
CPP1-like
C
PF11833 CPP1-like 73-252 aa
XP_057797267.1
253 aa
N
1
126
253
CPP1-like
C
PF11833 CPP1-like 73-252 aa
XP_057797268.1
253 aa
N
1
126
253
CPP1-like
C
PF11833 CPP1-like 73-252 aa
XP_057797269.1
251 aa
N
1
126
251
CPP1-like
C
PF11833 CPP1-like 71-250 aa
XP_057797270.1
251 aa
N
1
126
251
CPP1-like
C
PF11833 CPP1-like 71-250 aa
XP_057797271.1
251 aa
N
1
126
251
CPP1-like
C
PF11833 CPP1-like 71-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797266.1 Pfam PF11833 CPP1-like Family 73 252 2.7e-59 200.8 Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like
XP_057797267.1 Pfam PF11833 CPP1-like Family 73 252 2.7e-59 200.8 Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like
XP_057797268.1 Pfam PF11833 CPP1-like Family 73 252 2.7e-59 200.8 Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like
XP_057797269.1 Pfam PF11833 CPP1-like Family 71 250 2.7e-59 200.8 Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like
XP_057797270.1 Pfam PF11833 CPP1-like Family 71 250 2.7e-59 200.8 Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like
XP_057797271.1 Pfam PF11833 CPP1-like Family 71 250 2.7e-59 200.8 Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941285.1
GATAAATTTTATCCAAATAGCAGTGCTCTATTTCGAAATCCATAGACTGATTATTTGGAATTAAATCGACGAACTGCGAACCACACGGCTGCTTCTCGGAGGAGGCAACTCCTCGGTCGGCTAGCGCGACTTTGGCCTGCAATTCCAAAATAAAAGTTGAAAGAGGAGGGAGGGACTCGGATCTTGAGAACCTGATGGCAGCGGCTCTCCTCTCAACCCCTACCCTGAAAACCTCTTTCCTTGGCCGTTGTCTTCACAGT...
XM_057941287.1
AAATTTTATCCAAATAGCAGTGCTCTATTTCGAAATCCATAGACTGATTATTTGGAATTAAATCGACGAACTGCGAACCACACGGCTGCTTCTCGGAGGAGGCAACTCCTCGGTCGGCTAGCGCGACTTTGGCCTGCAATTCCAAAATAAAAGTTGAAAGAGGAGGGAGGGACTCGGATCTTGAGAACCTGATGGCAGCGGCTCTCCTCTCAACCCCTACCCTGAAAACCTCTTTCCTTGGCCGTTGTCTTTCAATTCGA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131013214
ATGGCAGCGGCTCTCCTCTCAACCCCTACCCTGAAAACCTCTTTCCTTGGCCGTTGTCTTCACAGTTCAATTCGAGGTGATACGAGAAGAAGTAAGCTGGGCTATGTGGGATTCATCTCCCCAAAATGTGCAGTGGATACGCCTTATGAGGGTAGCATTTCGAAATTCCCTAGGTTGAATGTCTGGGATCCTTATAAGCGGCTGGGGGTTAGTACTGATGCTTCGGAAGAAGAAGTTTGGAGTGCTCGAAACTTTTTGTT...
LOC131013214
ATGGCAGCGGCTCTCCTCTCAACCCCTACCCTGAAAACCTCTTTCCTTGGCCGTTGTCTTCACAGTTCAATTCGAGGTGATACGAGAAGAAGTAAGCTGGGCTATGTGGGATTCATCTCCCCAAAATGTGCAGTGGATACGCCTTATGAGGGTAGCATTTCGAAATTCCCTAGGTTGAATGTCTGGGATCCTTATAAGCGGCTGGGGGTTAGTACTGATGCTTCGGAAGAAGAAGTTTGGAGTGCTCGAAACTTTTTGTT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057797266.1
MAAALLSTPTLKTSFLGRCLHSSIRGDTRRSKLGYVGFISPKCAVDTPYEGSISKFPRLNVWDPYKRLGVSTDASEEEVWSARNFLLDQYANHERSAESIEAAFEKLLMTSFKNRKKMKINLKSRLKKKVEESPPWVKNLLSFVEIPPPVIILRRLFLFSFMACWSVMNSAEAGPAFQVALSLGACIYFLNDKNKSLPRAAIIGFGALVGGWLCGSITVPLIPSFLLQPTWSLELLTSLVVYVFLFLACSFLK
XP_057797267.1
MAAALLSTPTLKTSFLGRCLHSSIRGDTRRSKLGYVGFISPKCAVDTPYEGSISKFPRLNVWDPYKRLGVSTDASEEEVWSARNFLLDQYANHERSAESIEAAFEKLLMTSFKNRKKMKINLKSRLKKKVEESPPWVKNLLSFVEIPPPVIILRRLFLFSFMACWSVMNSAEAGPAFQVALSLGACIYFLNDKNKSLPRAAIIGFGALVGGWLCGSITVPLIPSFLLQPTWSLELLTSLVVYVFLFLACSFLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器