Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001549`

染色体: Chr02 坐标: 28779199-28785238 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001549`
名称	SmilChr02G001549
描述	ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD5
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	28779199 - 28785238 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013215`
GeneID	`131013215`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013215`
原始查询	`SmilChr02G001549`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD5
产物	ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD5
Arabidopsis	`AT5G54310` (AGD5) ARF-GAP domain 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835519] identity=56.4; qcov=1.06; evalue=2.15e-168; confidence=high
Rice	`Os07g0563800` (OJ1720_F04.113) - identity=54; qcov=1.08; evalue=2.52e-147; confidence=high
GO	GO:0005096 (GTPase activator activity)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01412 (ArfGap)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013215

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057797272.1`
2	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.80000	`XP_057797273.1`
3	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.80000	`XP_057797273.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057797273.1`
5	Endosome	内体	0.80000	`XP_057797272.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:28781232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr2:28782485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr2:28782516`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797272.1

473 aa

236

473

ArfGap

PF01412 ArfGap 17-124 aa

XP_057797273.1

471 aa

236

471

ArfGap

PF01412 ArfGap 17-124 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797272.1`	Pfam	`PF01412`	ArfGap	Domain	17	124	2.2e-41	141.3	Putative GTPase activating protein for Arf
`XP_057797273.1`	Pfam	`PF01412`	ArfGap	Domain	17	124	2.2e-41	141.3	Putative GTPase activating protein for Arf

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941290.1
GCATTTACTTCACCAAATAATTCAACCTAAAACACTCGGAAAAATACGAAATTTCAGAAAAAGAGAAAACAAAGAAAATACAATTACAGATACGAATAAATAAATAAAAATAAGAAAAATATAAGTCAATTCAGAGACGAACGCCGGTGTGCCATTTTTCTCTGTGATTTCTATTCTCATTCAATATATCTCACCATTCCGCTCATCTAATCCGACGGTCGAAGAGGGAGAGGAAGAGATCACCGCCCTTCACTTCGTTA...

XM_057941289.1
AATACGAAATTTCAGAAAAAGAGAAAACAAAGAAAATACAATTACAGATACGAATAAATAAATAAAAATAAGAAAAATATAAGTCAATTCAGAGACGAACGCCGGTGTGCCATTTTTCTCTGTGATTTCTATTCTCATTCAATATATCTCACCATTCCGCTCATCTAATCCGACGGTCGAAGAGGGAGAGGAAGAGATCACCGCCCTTCACTTCGTTATTCAATTTTCTCTCTCCACCCTTCTCCTCCTCCTCAGCACGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131013215
ATGAATGAGAAGGCCGGCGTTTCCAAGGAGCTTAATGCCAAGCATCGGAAGATTTTGGAAGGACTTCTTAAGTTACCCGAAAATAGGGAGTGTGCTGATTGCAAATGCAAAGGTCCTCGATGGGCTAGTGTGAACTTAGGCATATTCATATGCATGCAATGCTCTGGAATCCACAGAAGTCTTGGAGTCCACATATCAAAGGTGAGATCTGCTACACTTGACACGTGGCTTCCCGAACAGGTTGCATTTATTCACTCCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057797272.1
MNEKAGVSKELNAKHRKILEGLLKLPENRECADCKCKGPRWASVNLGIFICMQCSGIHRSLGVHISKVRSATLDTWLPEQVAFIHSMGNEKANNYWEAELPPNYDRVGIENFIRAKYEEKRWVPKDGKPKSPPRRTEEKASVQWQKPSDRSGHGNFSSSRGSSERKNVPAPSTKQNIPAARISVPVPPKVPEEVAPAPAAVIEQVVQKVETAPPAEPSKQVEEKVSPPKVDYATDLFNMLSMDGSGENATGASGDDNTWA...

XP_057797273.1
MNEKAGVSKELNAKHRKILEGLLKLPENRECADCKCKGPRWASVNLGIFICMQCSGIHRSLGVHISKVRSATLDTWLPEQVAFIHSMGNEKANNYWEAELPPNYDRVGIENFIRAKYEEKRWVPKDGKPKSPPRRTEEKASVQWQKPSDRSGHGNFSSSRGSSERKNVPAPSTKQNIPAARISVPVPPKVPEEVSPAAVIEQVVQKVETAPPAEPSKQVEEKVSPPKVDYATDLFNMLSMDGSGENATGASGDDNTWAGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器