Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001553`

染色体: Chr02 坐标: 28829532-28834237 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001553`
名称	SmilChr02G001553
描述	receptor-like protein kinase THESEUS 1
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	28829532 - 28834237 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013220`
GeneID	`131013220`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013220`
原始查询	`SmilChr02G001553`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	receptor-like protein kinase THESEUS 1
产物	receptor-like protein kinase THESEUS 1
Arabidopsis	`AT5G54380` (THE1) protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835526] identity=73; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0334300` (OsCrRLK1L14) - identity=52.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004714 (transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12819 (Malectin_like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057797277.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797277.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797277.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797277.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797277.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:28831119`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr2:28831188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr2:28831203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,B64
`Chr2:28831341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B124,B22,B74,C25
`Chr2:28831377`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,D4
`Chr2:28831596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B91
`Chr2:28832013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr2:28832739`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,B49,B91,C1
`Chr2:28832833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr2:28833007`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr2:28833138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr2:28833222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797277.1

840 aa

420

840

Malectin_like

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF12819 Malectin_like 36-384 aa PF00069 Pkinase 501-765 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 504-766 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797277.1`	Pfam	`PF12819`	Malectin_like	Domain	36	384	1.9e-29	103.7	Malectin-like domain
`XP_057797277.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	501	765	3.2e-41	142.2	Protein kinase domain
`XP_057797277.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	504	766	9.3e-47	160.2	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941294.1
CTCTCTCTCTCATATTATTCCGAGAGGCAGAGTCCAGGGTGTAGAAATTACGCCCATATCATATCTATATTGACAACAGCTGTTTGCAAATTGCAGTTGAAGAGAATGATTTTATTGAAGTTTCTTTTTGTTAGTAGGTCCTAAAAAATTATCAATTATTTTTTAAACTTCTCTTTTTCCCTCTGTAAATTGACAGCCTAATCAACAGCCTGGAAAGAGCTGGTGCAGTTCGCACCAAAAAGAAGCACCACTGCTTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013220
ATGGATATGGTGAAGTGGGCTGCTGTTGTAGCTGCGTTCTTGCTCTGTGTTGTTGGTACTAGTGTGTCAATGGCTGCATTCACACCTGCTAATAACTACTTGCTTGCCTGTGGATCTTCACAAAATGTGGCGTTTCTTGGCCAAACATATGTTCCTGATTCAGTTCAATCCTCAGTTTCTTTGAAAAGCCGTGGAGATTCTTATGTTGCCACCTCCAACTCCACCGCCCCTTTCCCTATTTACCAGTCAGCTCGAGTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797277.1
MDMVKWAAVVAAFLLCVVGTSVSMAAFTPANNYLLACGSSQNVAFLGQTYVPDSVQSSVSLKSRGDSYVATSNSTAPFPIYQSARVFRSTASYRFDIERQGRHWVRLHFYPLPGQNLTSASITVVTEDFVLLHNFSFDTFKGSYLFKEYAVNVTSNSLLVTFIPGNGSVAFVNAIEVVSVPDNLIPDQAAIISPYGQFDGLSGLALETIYRLNMGGPLITAQNDTLRRTWDNDAKYLHVNSSASNVSVNPSNIKYGDAVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器