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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001554

染色体: Chr02 坐标: 28829675-28830237 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001554
名称SmilChr02G001554
描述phytohormone-binding protein-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向28829675 - 28830237 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008242
GeneID131008242
locus_tag-
NCBI NameLOC131008242
原始查询SmilChr02G001554

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phytohormone-binding protein-like
产物phytohormone-binding protein-like
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0593400
-
identity=27.4; qcov=0.981; evalue=5.53e-17; confidence=low
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006952 (defense response); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008242

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791116.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057791116.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057791116.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791116.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791116.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:28829834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr2:28829843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr2:28829951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr2:28830057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B5
Chr2:28830058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B45,B49
Chr2:28830093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,B49
Chr2:28830094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr2:28830165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B98,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791116.1
160 aa
N
1
80
160
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 6-152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791116.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 6 152 9.5e-05 23.1 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935133.1
ATGAAAAAGGAAGAAACAGGTGAAGTTAAGGTTAGAGTGGGGATTGAACGCCTATGGGGGGCTCTCGTCAACGATCTGAGCTCTCTTCTTCCGGTGCTCATCCCAAATTTAGTGACGGAGGGCGAGATGCTGCAGGGCGATGGCGGCCTTGGCACTGTTTATCACTTCAAATTTGGCCCCGGTGTGCCAAATATGAGGTACCAGAAGGAGGAAGTAGTGGAACTTGATGAGAGCGTGCATCGGATTGGGCTGCAAGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008242
ATGAAAAAGGAAGAAACAGGTGAAGTTAAGGTTAGAGTGGGGATTGAACGCCTATGGGGGGCTCTCGTCAACGATCTGAGCTCTCTTCTTCCGGTGCTCATCCCAAATTTAGTGACGGAGGGCGAGATGCTGCAGGGCGATGGCGGCCTTGGCACTGTTTATCACTTCAAATTTGGCCCCGGTGTGCCAAATATGAGGTACCAGAAGGAGGAAGTAGTGGAACTTGATGAGAGCGTGCATCGGATTGGGCTGCAAGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791116.1
MKKEETGEVKVRVGIERLWGALVNDLSSLLPVLIPNLVTEGEMLQGDGGLGTVYHFKFGPGVPNMRYQKEEVVELDESVHRIGLQVIEGGRLGLGFTYYKNSFQLTATGDSETRVDATVDYETELQETNVPAGESVKSGIAFIQELETFLLNQQPSNHSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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