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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001555

染色体: Chr02 坐标: 28857782-28868220 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001555
名称SmilChr02G001555
描述uncharacterized SmilChr02G001555
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向28857782 - 28868220 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008245
GeneID131008245
locus_tag-
NCBI NameLOC131008245
原始查询SmilChr02G001555

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF03004 (Transposase_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008245

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791119.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791119.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791119.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791119.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791119.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:28867389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B22
Chr2:28867491 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 46 A10,A14,A18,A4,A9,B100,B104,B106,B111,B118,B12,B133,B19,B28,B30,B44,B48,B5,B50,B60,B69,B71,B78,B85,B88,B94,B98,C13,C15,C17,C23,C26,C35,C41,C42,C48,C50,C58,C61,C62,C63,C70,C73,C81,C87,D5
Chr2:28867510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B32,B67,B8,C37
Chr2:28867514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:28867539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:28867551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B83,C15,C3,C52
Chr2:28867661 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 57 A10,A15,A18,A2,A23,A4,A5,A7,B1,B101,B104,B114,B117,B118,B122,B137,B19,B20,B21,B3,B30,B31,B41,B45,B56,B57,B59,B61,B66,B69,B7,B77,B80,B90,B92,B94,B96,C1,C12,C16,C20,C29,C49,C5,C51,C6,C61,C64,C66,C74,C8,C82,C84,C9,D11,D7,D8
Chr2:28867699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C43
Chr2:28867712 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B14,C72,D9
Chr2:28867712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C72,D9
Chr2:28867723 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D10
Chr2:28867723 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791119.1
201 aa
N
1
100
201
Transposase_24
C
PF03004 Transposase_24 2-120 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791119.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 2 120 1.1e-10 42.6 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935136.1
ACACTTGCTTTTGAGCATATACGTATTTTCATCTTCAGCCACTTAATTTCTCTTTTCCTTTTTCAGCCCCATGATTTTACTCTTCAGCCACAAATTTTTTGATATTTTCATGTATCGATTAAACCTGATCTTGAAAAACATTCAATCTTGAACAGCAAGTTCAATTACTCAGCCACATATTTCACTTTCAAATTCTTGAAGAGCAAGTAATTTATCCTATTTAAACCCCACTTTATCATCTCTCAATTCAGAAGCAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008245
ATGTCAGAAGAATCTCGGAAAAAAAGCAAAGAGCTAACGGCGACGCGAAGACAAAATGTATATCCTCATCATGTTTCGCGCAAGGGATATGCCGGCTTACGGGAAGAAATGAAGGAGCAATTGACAGGTGATTATGAATCTGATAGAACACTTTTGTGGAAGCAAGCACGAGCAAACAAGAAAGGGGAATTTGAGGGTGAAATGTTGATAGAAACAGTTTCAAAGATTGATGTTTACCTACGACAAAAGCATGATGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791119.1
MSEESRKKSKELTATRRQNVYPHHVSRKGYAGLREEMKEQLTGDYESDRTLLWKQARANKKGEFEGEMLIETVSKIDVYLRQKHDGVFTSSGPSDDVLTQAIGKPEQRGRVRGVGAYVTPTTYYKKSESEKGNEVQEMKKQMAEMNAKILELQQQMMMNKESEEKGSCSVKNEHCVEVDDDVEEVPRDNVLSLVKTPRTKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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