Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001594`

染色体: Chr02 坐标: 29710382-29711865 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001594`
名称	SmilChr02G001594
描述	uncharacterized SmilChr02G001594
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	29710382 - 29711865 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008257`
GeneID	`131008257`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008257`
原始查询	`SmilChr02G001594`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=32.9; qcov=0.393; evalue=2.64e-18; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	PF24964 (DUF7769)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008257

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791129.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057791129.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057791129.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057791129.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791129.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:29710429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C74,D3
`Chr2:29710450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr2:29710454`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr2:29710480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B93,C82
`Chr2:29710532`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C82
`Chr2:29710596`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr2:29710618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C71,C81
`Chr2:29710631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr2:29710648`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B93,C82
`Chr2:29710707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C1
`Chr2:29710806`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr2:29710813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791129.1

410 aa

205

410

DUF7769

PF24964 DUF7769 6-60 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791129.1`	Pfam	`PF24964`	DUF7769	Domain	6	60	2.6e-09	37.3	Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935146.1
ATGGTCATCAAAGACCTCTCTACCAAAGATAGGAACAAAATAGTGCAGTTTCTTCTTGCAAATTTGAAGAATGGCAAACCTAGATATGGTGCCATGAAGGAGGCTGCAGCCCTCTTCAACTCCTCCCAACGCACCGTCACTCGACTTTGGGCGGCTGCCAAGAAACAAAAGGAAAAAGGTGATGAAATATTTTTAACAAGCCACAAACCAGGTGCTGCAAGAAGGAAAAGAGTTAGCGTCGATATAGAGCTAATTCAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008257
ATGGTCATCAAAGACCTCTCTACCAAAGATAGGAACAAAATAGTGCAGTTTCTTCTTGCAAATTTGAAGAATGGCAAACCTAGATATGGTGCCATGAAGGAGGCTGCAGCCCTCTTCAACTCCTCCCAACGCACCGTCACTCGACTTTGGGCGGCTGCCAAGAAACAAAAGGAAAAAGGTGATGAAATATTTTTAACAAGCCACAAACCAGGTGCTGCAAGAAGGAAAAGAGTTAGCGTCGATATAGAGCTAATTCAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791129.1
MVIKDLSTKDRNKIVQFLLANLKNGKPRYGAMKEAAALFNSSQRTVTRLWAAAKKQKEKGDEIFLTSHKPGAARRKRVSVDIELIQSLELHKRSTIRRLAVGINKSKSTVWRWVNKGLIRAHSSAIKLDLIAPNKLMRLCFSLEALEFDRIMLALKFNAMDNTIHIDEKWPIFSDSGECLFDGKIGIFPLIEQVPAKRNSKNRPVGTMEIKPIQSVTKELLPAIFAKWPRFASKLIYIQQDNAKSHILDSDPDFRAAATA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器