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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001595

染色体: Chr02 坐标: 29768588-29770684 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001595
名称SmilChr02G001595
描述uncharacterized SmilChr02G001595
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向29768588 - 29770684 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008258
GeneID131008258
locus_tag-
NCBI NameLOC131008258
原始查询SmilChr02G001595

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=39.3; qcov=0.228; evalue=6.83e-10; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008258

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057791130.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791130.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057791130.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791130.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791130.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:29768653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:29769070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B133,B89,C26
Chr2:29769101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr2:29769121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,B89
Chr2:29770404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr2:29770407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:29770424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B87,C54
Chr2:29770428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C29
Chr2:29770457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C64
Chr2:29770463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C64
Chr2:29770502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr2:29770510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935147.1
ATGAACACACGATCTCAGAATCTTCCTCTTGAAGATTTTGATCCAGAGATTGAAGCCACGCTCCACCTCAACAACAACAAGAAAAGAGAAGCCACACTAGACACGATGGCTGCCACTGCAGAAGAAGTCCGGGCGTTGAGAGAACAGCTGCAGGCATTGTTGGATGCTCAGAAAGATACTGGCGCGCAGAAACATTCCCCAATCAATGAGGCGTTCACCCCGCAATACTATTTTCATGAGCCTCCAAGAGTTAACGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008258
ATGAACACACGATCTCAGAATCTTCCTCTTGAAGATTTTGATCCAGAGATTGAAGCCACGCTCCACCTCAACAACAACAAGAAAAGAGAAGCCACACTAGACACGATGGCTGCCACTGCAGAAGAAGTCCGGGCGTTGAGAGAACAGCTGCAGGCATTGTTGGATGCTCAGAAAGATACTGGCGCGCAGAAACATTCCCCAATCAATGAGGCGTTCACCCCGCAATACTATTTTCATGAGCCTCCAAGAGTTAACGCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791130.1
MNTRSQNLPLEDFDPEIEATLHLNNNKKREATLDTMAATAEEVRALREQLQALLDAQKDTGAQKHSPINEAFTPQYYFHEPPRVNANNFELKTGLITMEGAKTAKDESARLIENKSEEVTVEVSGRKKEEKQKATSPATVTIPFPQRQKKERMKERLSKFLEIFKKVNINIPLVEMLLEMPQCAKFLKDIVSRKKKLGEFETQFRRSLCDLGASINLMPLSVFKQLAIGELKPTSMRLQMADKSVT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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