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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001605

染色体: Chr02 坐标: 29881870-29888854 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001605
名称SmilChr02G001605
描述COP1-interacting protein 7
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向29881870 - 29888854 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013256
GeneID131013256
locus_tag-
NCBI NameLOC131013256
原始查询SmilChr02G001605

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述COP1-interacting protein 7
产物COP1-interacting protein 7
ArabidopsisAT4G27430 (CIP7)
COP1-interacting protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828851]
identity=36.7; qcov=1.04; evalue=5.05e-164; confidence=medium
RiceOs07g0445600 (P0030H06.103-1)
-
identity=33.5; qcov=0.471; evalue=6.76e-56; confidence=low
GOGO:0009416 (response to light stimulus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF30468 (CIP7_M); PF30469 (CIP7_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013256

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057797307.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057797305.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057797305.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797305.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797305.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:29882749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C60
Chr2:29882776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C77
Chr2:29882987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C60
Chr2:29883827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:29884659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B17,C87
Chr2:29884668 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B51,B74,C23,C35,C73
Chr2:29884736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C77
Chr2:29884764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:29885692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:29885929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr2:29886011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B112,B117,C23,C82
Chr2:29886280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797305.1
1152 aa
N
1
576
1152
CIP7_N
CIP7_M
C
PF30469 CIP7_N 9-64 aa PF30468 CIP7_M 88-231 aa
XP_057797307.1
1151 aa
N
1
576
1151
CIP7_N
CIP7_M
C
PF30469 CIP7_N 9-64 aa PF30468 CIP7_M 118-230 aa
XP_057797308.1
1150 aa
N
1
575
1150
CIP7_N
CIP7_M
C
PF30469 CIP7_N 9-64 aa PF30468 CIP7_M 88-231 aa
XP_057797309.1
1149 aa
N
1
574
1149
CIP7_N
CIP7_M
C
PF30469 CIP7_N 9-64 aa PF30468 CIP7_M 118-230 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797305.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 9 64 5.9e-26 91.2 CIP7 N-terminal domain
XP_057797305.1 Pfam PF30468 CIP7_M Domain 88 231 1.3e-41 143.0 CIP7 middle helical domain
XP_057797307.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 9 64 5.9e-26 91.2 CIP7 N-terminal domain
XP_057797307.1 Pfam PF30468 CIP7_M Domain 118 230 5.9e-41 140.9 CIP7 middle helical domain
XP_057797308.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 9 64 5.8e-26 91.2 CIP7 N-terminal domain
XP_057797308.1 Pfam PF30468 CIP7_M Domain 88 231 1.3e-41 143.0 CIP7 middle helical domain
XP_057797309.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 9 64 5.8e-26 91.2 CIP7 N-terminal domain
XP_057797309.1 Pfam PF30468 CIP7_M Domain 118 230 5.8e-41 140.9 CIP7 middle helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941325.1
GAGTTATATTTTTTCTAATTATAATACAGAGTATTTTGATGGTGTTGGATTGAAACATGAAAGTTGTGATAGAAAGGAAGGAGATGGCAGAAGAGAAAGAGGTCCACTTCCACTCTCTCTCTATTATTCTTATTCTGATGGGAGTGACAGCCAAGCGAAGCAACCCTCAAAATCTGTACACTCATCATCATCATCTCACCTCCCATATTTTGAGCCCTTCAAAAGCAAGATTTTTCTCTTATACAATCCTGAATTGACTC...
XM_057941326.1
AGTTATATTTTTTCTAATTATAATACAGAGTATTTTGATGGTGTTGGATTGAAACATGAAAGTTGTGATAGAAAGGAAGGAGATGGCAGAAGAGAAAGAGGTCCACTTCCACTCTCTCTCTATTATTCTTATTCTGATGGGAGTGACAGCCAAGCGAAGCAACCCTCAAAATCTGTACACTCATCATCATCATCTCACCTCCCATATTTTGAGCCCTTCAAAAGCAAGATTTTTCTCTTATACAATCCTGAATTGACTCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131013256
ATGGATTCTAGAACTGTGCTTGATTATGCTCTGTTTCAATTGACACCGACACGAACAAGATGTGATCTCGTGATATTTTCTGGGAAAAAGAGTGAGAAAATAGCATCAGGGTTGTTGGAGCCATTTCTCTGCCATTTGAAATCGGCTAAGGATCAAATTTCGAAAGGCGGCTATTCGATTCTGCTTAAGCCCACATCCGCAGATGCTTCTCCATGGCTCACTAAGGCCATTCTTGAAAGGTTTGTGAAGTTTGTTAGCAC...
LOC131013256
ATGGATTCTAGAACTGTGCTTGATTATGCTCTGTTTCAATTGACACCGACACGAACAAGATGTGATCTCGTGATATTTTCTGGGAAAAAGAGTGAGAAAATAGCATCAGGGTTGTTGGAGCCATTTCTCTGCCATTTGAAATCGGCTAAGGATCAAATTTCGAAAGGCGGCTATTCGATTCTGCTTAAGCCCACATCCGCAGATGCTTCTCCATGGCTCACTAAGGCCATTCTTGAAAGGTTTGTGAAGTTTGTTAGCAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057797305.1
MDSRTVLDYALFQLTPTRTRCDLVIFSGKKSEKIASGLLEPFLCHLKSAKDQISKGGYSILLKPTSADASPWLTKAILERFVKFVSTPEVLERVVTIEREINQIESSNEQVNGAQAGTPATDGDFRFSVAPFKSKSETNGDNDAEAEENPRIHLQRVLESRKAMLKKEQAMAYARALVAGFEMDYIYDLVSFSEAFGALRLREACINFIELCNKKNNDKIWLDEVAAMQSSYLGMPGTIFNGENNDLFPTGPAKSSASDS...
XP_057797307.1
MDSRTVLDYALFQLTPTRTRCDLVIFSGKKSEKIASGLLEPFLCHLKSAKDQISKGGYSILLKPTSADASPWLTKAILERFVKFVSTPEVLERVVTIEREINQIESSNEQVNGAQGTPATDGDFRFSVAPFKSKSETNGDNDAEAEENPRIHLQRVLESRKAMLKKEQAMAYARALVAGFEMDYIYDLVSFSEAFGALRLREACINFIELCNKKNNDKIWLDEVAAMQSSYLGMPGTIFNGENNDLFPTGPAKSSASDSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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