当前解析结果
SmilChr02G001613| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001613 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001613 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001613 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 30015936 - 30017916 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013261 |
|---|---|
| GeneID | 131013261 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013261 |
| 原始查询 | SmilChr02G001613 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | fiber (DUF1218) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820787]; symbol=AT3G15480; hit=AT3G15480; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | fiber (DUF1218) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820787]; symbol=AT3G15480; hit=AT3G15480; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G15480 (AT3G15480)fiber (DUF1218) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820787] identity=70.8; qcov=0.929; evalue=2.14e-88; confidence=high |
| Rice | Os07g0462200- identity=73.5; qcov=0.902; evalue=4.88e-73; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06749 (DUF1218) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013261 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057797311.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797311.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797311.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797311.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797311.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:30017301 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr2:30017350 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,C81 |
Chr2:30017532 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A25 |
Chr2:30017532 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A25 |
Chr2:30017665 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr2:30017681 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C17,C67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797311.1PF06749
DUF1218 58-153 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797311.1 |
Pfam | PF06749 |
DUF1218 | Family | 58 | 153 | 5.7e-34 | 117.2 | Protein of unknown function (DUF1218) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。