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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001630

染色体: Chr02 坐标: 30260371-30268091 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001630
名称SmilChr02G001630
描述MLO-like protein 11
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30260371 - 30268091 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013277
GeneID131013277
locus_tag-
NCBI NameLOC131013277
原始查询SmilChr02G001630

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MLO-like protein 11
产物MLO-like protein 11
ArabidopsisAT5G53760 (MLO11)
Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835457]
identity=67.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0181400 (OsMLO11)
-
identity=45.1; qcov=0.932; evalue=8.08e-158; confidence=high
GOGO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03094 (Mlo)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797321.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797321.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797321.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797321.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797321.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30261230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr2:30262092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B79,B80,C17,C61
Chr2:30262103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr2:30262158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D5
Chr2:30262341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C8
Chr2:30262729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,C21,C53,C72,D5
Chr2:30263851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:30264968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr2:30266691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91
Chr2:30267589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr2:30267779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:30267913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B115,B65,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797321.1
561 aa
N
1
280
561
Mlo
C
PF03094 Mlo 14-472 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797321.1 Pfam PF03094 Mlo Family 14 472 1e-169 565.7 Mlo family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941338.1
ACTCCCGACATTGCATATTGCATGAATATCCCGAGAGACACACATTGATCAACTGGATTCTATATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGGAGCTCACTTCTTTCTTAATGGCCGAAAGCAACAATTGTTGAACCTTAAATAAACTTTTACAACTCCAGCGCCAGCCACCAGCCAGCCCACAACACTCACCTATCACCCTTGATTCACTCTGATTTAACTATTCCAACACCTTTTTCTGTCAGAAAATAAAAATTGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013277
ATGTCTGAATCCGAAGCCTCAGAAAACGAGAAGGATCTGAGGTCTTTGGCTCTGACTCCGACATGGTCTGTGGCTACTGTTTTGACCGTATTTGTTGCCGTTTCACTGCTCGTGGAGCGATCGATTCACCGCTTGGGAATTTGGTTAAAGAAAACTGATCGGAAACCTTTGCTTGCTGCTGTTGAGAAAATGAAGGAAGAGTTGATGCTTCTTGGGTTCATATCCCTTCTCCTTACAGCAACTTCAAGCATTATATCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797321.1
MSESEASENEKDLRSLALTPTWSVATVLTVFVAVSLLVERSIHRLGIWLKKTDRKPLLAAVEKMKEELMLLGFISLLLTATSSIISNICIPSKFYDSAFAPCTRKDVDEETEDNHLQERGLLTAFFDHRVHRRVLMGLNQNTCSENYEPFVSYEGLEQLHRFIFVMAITHISYSCLTMLLAIVKIHSWRAWEDEAHLDRHNSLSEKTRAMTMQRQSTFVRVHTSTPMQRNNFLVWVTCFFRQFGRSVVRADYLTLRQGFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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