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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001633`

染色体: Chr02 坐标: 30284726-30286991 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001633`
名称	SmilChr02G001633
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21705, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	30284726 - 30286991 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013280`
GeneID	`131013280`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013280`
原始查询	`SmilChr02G001633`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21705, mitochondrial-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21705%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT4G21705` (AT4G21705) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828258] identity=44.8; qcov=0.901; evalue=2.57e-148; confidence=medium
Rice	`Os07g0598500` - identity=46.8; qcov=0.798; evalue=2.94e-145; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005739 (mitochondrion)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013280

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057797327.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057797327.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797327.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797327.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797327.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:30285304`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr2:30285306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr2:30285329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr2:30285392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr2:30285532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:30285694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr2:30285806`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B94,C72
`Chr2:30285950`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B106,B73
`Chr2:30286860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B50,B63,B73,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797327.1

525 aa

262

525

PPR

PPR_3

PPR_2

PPR

PF01535 PPR 167-195 aa PF13812 PPR_3 189-248 aa PF13041 PPR_2 200-245 aa PF01535 PPR 201-231 aa PF01535 PPR 308-328 aa PF01535 PPR 343-365 aa PF01535 PPR 379-405 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797327.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	167	195	5.3e-26	89.7	PPR repeat
`XP_057797327.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	189	248	2.3e-14	53.9	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057797327.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	200	245	2.3e-27	95.6	PPR repeat family
`XP_057797327.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	201	231	5.3e-26	89.7	PPR repeat
`XP_057797327.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	308	328	5.3e-26	89.7	PPR repeat
`XP_057797327.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	343	365	5.3e-26	89.7	PPR repeat
`XP_057797327.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	379	405	5.3e-26	89.7	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941344.1
GGCATGGATGGACATACTAGTTCCCATAAGTCTGCACTTATCAATCACTCTAAAACCCTAAACCCTTGTAAAATCCCAAAAATCCCATATCCCAATTCAGTCAATGTTTCAAGCCTACTCGCAATCAACTGCAATTGGAAGTCCAAGAATGTTTCCAGCGTTAAGCAGATCAAGTTTGCTCCGATTGTATTCACGACCAAGAAAGTTGATCGCTTTTAGAAAATCACCCTCTTGCAACATTTCCGCAGCAGCTACTCCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013280
ATGTTTCAAGCCTACTCGCAATCAACTGCAATTGGAAGTCCAAGAATGTTTCCAGCGTTAAGCAGATCAAGTTTGCTCCGATTGTATTCACGACCAAGAAAGTTGATCGCTTTTAGAAAATCACCCTCTTGCAACATTTCCGCAGCAGCTACTCCTGTCGAATTTTCACCAAAATTCTCGGCGTCAAGGATTAGAAATTTGTTTTCCAGAATCAGCCCCCTCAGGAAGGACCACGATGTTGTCCAGGTGCTCGATCAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797327.1
MFQAYSQSTAIGSPRMFPALSRSSLLRLYSRPRKLIAFRKSPSCNISAAATPVEFSPKFSASRIRNLFSRISPLRKDHDVVQVLDQWVAEGRKIHYQEFQRIIRDLRSRRRFSQALQVSEWISCNGVCKMSPGDCAVHLDLVGVVRGCEAAKSYFSNLCDQDKNEKTYGAMLNCYVREGVLTKALLHLQRMKDMGYGSSAITYNSIMVLYKKAGQLEKIPEILSEMRKNGVAPNSFSYKMCLSSFGERSDLGGMEKLLDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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