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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001643

染色体: Chr02 坐标: 30503466-30506027 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001643
名称SmilChr02G001643
描述lanC-like protein GCR2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30503466 - 30506027 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013288
GeneID131013288
locus_tag-
NCBI NameLOC131013288
原始查询SmilChr02G001643

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lanC-like protein GCR2
产物lanC-like protein GCR2
ArabidopsisAT1G52920 (GPCR)
G protein coupled receptor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841725]
identity=67; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0497900
-
identity=60.9; qcov=0.998; evalue=1.21e-177; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0031179 (peptide modification)
KEGG-
PfamPF05147 (LANC_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013288

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057797341.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057797341.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057797341.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057797341.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797341.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30503722 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 15 A11,A14,A19,B101,B114,B130,B41,B42,B43,B58,B66,B78,C1,C43,C50
Chr2:30503726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr2:30503730 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B57
Chr2:30503730 AGT A 2bp_deletion CDS_variant 1 B57
Chr2:30503851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B31,B80,C61,D7
Chr2:30503907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:30504106 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B38,B82
Chr2:30504200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr2:30504224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B14,C28,C72
Chr2:30504528 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D3
Chr2:30504528 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 D3
Chr2:30504782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B35,C36,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797341.1
405 aa
N
1
202
405
LANC_like
C
PF05147 LANC_like 67-405 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797341.1 Pfam PF05147 LANC_like Repeat 67 405 2.5e-102 342.8 Lanthionine synthetase C-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941358.1
AAAGGAGATGAAACGGTGCAGATAGGGATGGAAACGACGGTGCACACATGGACATCGATGTATATAAAAGCTTCACTTTTTATTGTTCATCAAAACGCCCACGCCCATTTCAGAAACGCTTCTCAAAACCAAATCTTTCCGAAAAATGGCTGCTGATCGTTTCTTTCCAAATGAAATGCCCGCTTACATCCCAGAAACTCAGTCAGCCCCCGCCGCTGACGATTCGCTCACGAAGCTTCTCCATCTTCCACTCAAGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013288
ATGGCTGCTGATCGTTTCTTTCCAAATGAAATGCCCGCTTACATCCCAGAAACTCAGTCAGCCCCCGCCGCTGACGATTCGCTCACGAAGCTTCTCCATCTTCCACTCAAGATTCTGTCCGACCGCCTCAAGAAAGACGCTTTGGACATCAAAGATACAGTGGTTAAGGAGAGCTGGCTGGCCTCGGGAAAACGCGTGCGCGACTTTAGTTTGTACACGGGGGATTTAGGAACTGCTTTCTTGCTGTTCAAAGCTTATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797341.1
MAADRFFPNEMPAYIPETQSAPAADDSLTKLLHLPLKILSDRLKKDALDIKDTVVKESWLASGKRVRDFSLYTGDLGTAFLLFKAYQVTGDRTHLHISLDIIKACETAIQGSGRVTFLCGEAGVCAVGAVVAHHNGDEKLCQHYVSQLKEIKLSTDLPDELLYGRAGFLWACLFLNKHIGPNTVSSNRMRAVVNAIIRSGRQLGKGSCPLMYEWHGKRYCGAAHGLAGIMNVLMDVELKPDEAEDVKATLRYMIKNRFAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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