当前解析结果
SmilChr02G001643| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001643 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001643 |
| 描述 | lanC-like protein GCR2 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 30503466 - 30506027 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013288 |
|---|---|
| GeneID | 131013288 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013288 |
| 原始查询 | SmilChr02G001643 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lanC-like protein GCR2 |
| 产物 | lanC-like protein GCR2 |
| Arabidopsis | AT1G52920 (GPCR)G protein coupled receptor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841725] identity=67; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0497900- identity=60.9; qcov=0.998; evalue=1.21e-177; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0031179 (peptide modification) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05147 (LANC_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013288 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057797341.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057797341.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057797341.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057797341.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797341.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:30503722 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 15 | A11,A14,A19,B101,B114,B130,B41,B42,B43,B58,B66,B78,C1,C43,C50 |
Chr2:30503726 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr2:30503730 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B57 |
Chr2:30503730 |
AGT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B57 |
Chr2:30503851 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B3,B31,B80,C61,D7 |
Chr2:30503907 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr2:30504106 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B38,B82 |
Chr2:30504200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr2:30504224 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B14,C28,C72 |
Chr2:30504528 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D3 |
Chr2:30504528 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr2:30504782 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,B35,C36,C47 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797341.1PF05147
LANC_like 67-405 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797341.1 |
Pfam | PF05147 |
LANC_like | Repeat | 67 | 405 | 2.5e-102 | 342.8 | Lanthionine synthetase C-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。