当前解析结果
SmilChr02G001647| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001647 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001647 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001647 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 30568957 - 30569562 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008274 |
|---|---|
| GeneID | 131008274 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008274 |
| 原始查询 | SmilChr02G001647 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=55.6; qcov=0.313; evalue=5.57e-18; confidence=low |
| Rice | Os01g0872900- identity=61.5; qcov=0.891; evalue=3.88e-78; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008274 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791144.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057791144.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791144.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791144.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791144.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:30569000 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr2:30569061 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B6,C67 |
Chr2:30569068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr2:30569070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B3,B31,B40,D7 |
Chr2:30569070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,B31,B40,D7 |
Chr2:30569079 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 55 | A10,A14,A18,A20,A21,A9,B103,B121,B123,B125,B136,B138,B16,B2,B20,B22,B3,B33,B34,B35,B46,B47,B5,B51,B52,B53,B54,B68,B69,B71,B83,B85,B86,B90,B92,C10,C18,C21,C23,C3,C37,C39,C41,C53,C58,C60,C65,C7,C73,C76,C77,C84,C86,C9,D1 |
Chr2:30569091 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B137,B33,B79,C36 |
Chr2:30569094 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:30569114 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,B91 |
Chr2:30569165 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B135,B98,C3 |
Chr2:30569167 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr2:30569206 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 72 | A10,A23,A5,B1,B101,B102,B108,B110,B111,B114,B118,B119,B120,B123,B125,B126,B129,B13,B133,B134,B136,B139,B140,B16,B17,B18,B27,B30,B36,B4,B48,B51,B58,B62,B65,B67,B70,B75,B76,B77,B78,B84,B87,B95,C14,C16,C19,C27,C29,C33,C34,C37,C38,C44,C45,C46,C49,C5,C53,C56,C57,C6,C64,C66,C74,C81,C85,D2,D3,D4,D6,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791144.1PF04827
Plant_tran 24-190 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791144.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 24 | 190 | 2.2e-81 | 273.1 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。