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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001650

染色体: Chr02 坐标: 30589962-30595879 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001650
名称SmilChr02G001650
描述uncharacterized SmilChr02G001650
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30589962 - 30595879 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013296
GeneID131013296
locus_tag-
NCBI NameLOC131013296
原始查询SmilChr02G001650

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleic acid-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835461]; symbol=AT5G53800; hit=AT5G53800; species=arabidopsis; confidence=medium
产物nucleic acid-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835461]; symbol=AT5G53800; hit=AT5G53800; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G53800 (AT5G53800)
nucleic acid-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835461]
identity=76.7; qcov=0.553; evalue=3.55e-93; confidence=medium
RiceOs04g0530300
-
identity=79.3; qcov=0.56; evalue=1.14e-84; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013296

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797351.1
2 Nuclear speckle 核斑点 1.00000 XP_057797351.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057797351.1
4 Nuclear body 核内小体 0.60000 XP_057797351.1
5 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.40000 XP_057797351.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30594734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:30594751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B80,C17,C61
Chr2:30595568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B77,B93,C20
Chr2:30595694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B47,B79,C29
Chr2:30595718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A14,C23,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941368.1
GCGTTTCCTTGGAGTAAAGTAGAGTCGTGTTTTGAAAGAATTAGGTATAAAGCAGCGAAAGAGTTTGTGCCCAAATCAAGAAAAATGGGCAAGGATAGACCCGCAAACGAAAACGCAGGCAAACGGCGCGCCCACCATAAATCCGATTCGGAATCCGAGCCCGACCCGGACTCTGACTCCGATCACGATTCCGACGGCACCAGGAAACGGAGCAAGCGCCACAGTAGAACCCGGAGCTCCAGCTCCAAGAGAAGGCGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013296
ATGGGCAAGGATAGACCCGCAAACGAAAACGCAGGCAAACGGCGCGCCCACCATAAATCCGATTCGGAATCCGAGCCCGACCCGGACTCTGACTCCGATCACGATTCCGACGGCACCAGGAAACGGAGCAAGCGCCACAGTAGAACCCGGAGCTCCAGCTCCAAGAGAAGGCGCTCCAGGGATTCCGATTCCTATACCTCTTCGTCGCACTCCGATGAAGACTCTTACGATTCCGAGTCGGACGAAGAGGAGAGGAGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797351.1
MGKDRPANENAGKRRAHHKSDSESEPDPDSDSDHDSDGTRKRSKRHSRTRSSSSKRRRSRDSDSYTSSSHSDEDSYDSESDEEERRRHRRERRRREEKKERRMREKEKERKRKRREEKKRKEKKKKKEKDKGQKGAVTNSWGKYGIIRETDMWNKRPEFTAWLAEVKKVNLESLANWEEKQLFKDFMEDHNTATFPSKKYYNLDAYYKHKIEKEVKKGFAKVQESERTVFNDEEQRRLELQKERERQKEEQVQALQQSMQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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