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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001657

染色体: Chr02 坐标: 30763819-30765136 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001657
名称SmilChr02G001657
描述uncharacterized SmilChr02G001657
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30763819 - 30765136 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008277
GeneID131008277
locus_tag-
NCBI NameLOC131008277
原始查询SmilChr02G001657

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=29.5; qcov=0.367; evalue=2.06e-18; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791147.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057791147.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057791147.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057791147.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057791147.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30763824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:30763826 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr2:30763826 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr2:30763827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B98,C80
Chr2:30763838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C51,C74,D10
Chr2:30763839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B98
Chr2:30763901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B46
Chr2:30763924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:30763942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B99,C72
Chr2:30763956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:30763962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:30763972 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935164.1
ATGAGCAAGGGTTTCTACACGATCAAATTCTCTACCGCTGAGGACAAAAGCATTGCTAAACGTTCTAACGTTTGGAATTTGAGATCAGGGACCTTGAGGCTTCGCGAATGGGTAAGAAACTTCGATCCTTATAAGGAGATTTCGTCTCTTTGTCAAGTTTGGATGCGTATATACTATCTACCTGTGGAATATTGGACAAAAGAGATTATATCAAGCATTGCTCGATCGGCGGGGGTGCCTATCAAGGTGGATGGGGCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008277
ATGAGCAAGGGTTTCTACACGATCAAATTCTCTACCGCTGAGGACAAAAGCATTGCTAAACGTTCTAACGTTTGGAATTTGAGATCAGGGACCTTGAGGCTTCGCGAATGGGTAAGAAACTTCGATCCTTATAAGGAGATTTCGTCTCTTTGTCAAGTTTGGATGCGTATATACTATCTACCTGTGGAATATTGGACAAAAGAGATTATATCAAGCATTGCTCGATCGGCGGGGGTGCCTATCAAGGTGGATGGGGCTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791147.1
MSKGFYTIKFSTAEDKSIAKRSNVWNLRSGTLRLREWVRNFDPYKEISSLCQVWMRIYYLPVEYWTKEIISSIARSAGVPIKVDGATAHGEVGHYARVLVEVDLAPPLPESASVDCHDRSIYVEFGFEQLPAFCTKCKITRHNLDKCKKRYDKEANNDTVGGNKRTETVGAEVILNTTEEDAGRAQKNTTLEVSKQKPAWKPRENILQETTVVNRFDALAQLHIEDVLSDDRREDFIREKGDGLNTRIDDMVEEDASEEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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