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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001658

染色体: Chr02 坐标: 30772367-30780224 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001658
名称SmilChr02G001658
描述general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30772367 - 30780224 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013302
GeneID131013302
locus_tag-
NCBI NameLOC131013302
原始查询SmilChr02G001658

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
产物general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
ArabidopsisAT1G18340 (AT1G18340)
basal transcription factor complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838415]
identity=64.5; qcov=0.977; evalue=2.23e-125; confidence=high
RiceOs02g0125800
-
identity=62.1; qcov=0.948; evalue=6.91e-108; confidence=high
GOGO:0000439 (transcription factor TFIIH core complex); GO:0005675 (transcription factor TFIIH holo complex); GO:0006289 (nucleotide-excision repair); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGGsmil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03850 (Tfb4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057797356.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057797356.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057797362.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057797359.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057797356.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30772702 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 11 A2,A7,B112,B117,B119,B122,B26,B57,B80,B94,C85
Chr2:30772708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B19,C11,C41
Chr2:30773566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:30774516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B117,C23,C82
Chr2:30779578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:30779901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:30779924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797356.1
330 aa
N
1
165
330
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 50-305 aa
XP_057797357.1
325 aa
N
1
162
325
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 45-300 aa
XP_057797358.1
324 aa
N
1
162
324
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 44-299 aa
XP_057797359.1
323 aa
N
1
162
323
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 50-298 aa
XP_057797360.1
319 aa
N
1
160
319
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 39-294 aa
XP_057797361.1
318 aa
N
1
159
318
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 45-293 aa
XP_057797362.1
317 aa
N
1
158
317
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 50-292 aa
XP_057797363.1
312 aa
N
1
156
312
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 45-287 aa
XP_057797364.1
306 aa
N
1
153
306
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 39-281 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797356.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 50 305 1e-90 304.7 Transcription factor Tfb4
XP_057797357.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 45 300 9e-91 304.9 Transcription factor Tfb4
XP_057797358.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 44 299 9e-91 304.9 Transcription factor Tfb4
XP_057797359.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 50 298 1.2e-76 258.6 Transcription factor Tfb4
XP_057797360.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 39 294 8.5e-91 305.0 Transcription factor Tfb4
XP_057797361.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 45 293 1.1e-76 258.7 Transcription factor Tfb4
XP_057797362.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 50 292 2.5e-79 267.4 Transcription factor Tfb4
XP_057797363.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 45 287 2.3e-79 267.5 Transcription factor Tfb4
XP_057797364.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 39 281 2.4e-79 267.5 Transcription factor Tfb4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941376.1
CATATAAACTAATTTATCAAACACAACCCTAGATTATTCATCCACATTTATCTGCAGTGGGCTCTCTCAAACTAATTTATCAAACACAACCCTAGATTATTAAAAATTAACGAGCCTTAACTAGTTTTCGCAATCAAATGGACTCGTGCATGTAGAAAGTAGATTATGGAGTATATTTTAATTTTGATTTTGATTATTAATAGTATTAATTTTGCCGAATCGCCGCCGTCCGTGTCTGGTCTACCCGTCGCTCATTGTCA...
XM_057941379.1
CATATAAACTAATTTATCAAACACAACCCTAGATTATTCATCCACATTTATCTGCAGTGGGCTCTCTCAAACTAATTTATCAAACACAACCCTAGATTATTAAAAATTAACGAGCCTTAACTAGTTTTCGCAATCAAATGGACTCGTGCATGTAGAAAGTAGATTATGGAGTATATTTTAATTTTGATTTTGATTATTAATAGTATTAATTTTGCCGAATCGCCGCCGTCCGTGTCTGGTCTACCCGTCGCTCATTGTCA...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131013302
ATGCGGTGTCGCTCATCGTCAACAGCCACCGGCCGCCATCTCTTGTTGTTTGTTCGATTCAAGATAACAGAGGGGAAGATGACCCCTGTCTCATCCAAGCTTTATGCAGGTCCTCTTTTCTTCTATGATGTGAGTCTGTTGATGGTACTAATTGACACGAATCCATTCTTTTGGAACTCGGCTCAATCCACGCTTCCTTTCTCCAAGTTCTTGACCCATGTACTTGCATTTTTGAATTCTATACTTTTGCTGAATCAGAT...
LOC131013302
ATGCGGTGTCGCTCATCGTCAACAGCCACCGGCCGCCATCTCTTGTTGTTTGTTCGATTCAAGATAACAGAGGGGAAGATGACCCCTGTCTCATCCAAGCTTTATGCAGATGATGTGAGTCTGTTGATGGTACTAATTGACACGAATCCATTCTTTTGGAACTCGGCTCAATCCACGCTTCCTTTCTCCAAGTTCTTGACCCATGTACTTGCATTTTTGAATTCTATACTTTTGCTGAATCAGATGAACCAAGTGGTTGT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057797356.1
MILSNFLKLVIDFKIVFLKLHSFIKFQITEGKMTPVSSKLYAGPLFFYDVSLLMVLIDTNPFFWNSAQSTLPFSKFLTHVLAFLNSILLLNQMNQVVVIAAGYNSCGYIFDSSDPQSQNQRAEDLLDKLEEFVDNDQELCREQSVDGPGFSLLSGSLSMALCYIQRVFRTVPLHPQPRILCLHGSPDGPGQYVAIMNSIFSAQRSMVPIDACVIGAQHSAFLQQASYITGGVYLKPQILDGLFQYLSTVFATDLHSRCFL...
XP_057797357.1
MILSNFLKLVIDFKIVFLKLHSFIKFQITEGKMTPVSSKLYADDVSLLMVLIDTNPFFWNSAQSTLPFSKFLTHVLAFLNSILLLNQMNQVVVIAAGYNSCGYIFDSSDPQSQNQRAEDLLDKLEEFVDNDQELCREQSVDGPGFSLLSGSLSMALCYIQRVFRTVPLHPQPRILCLHGSPDGPGQYVAIMNSIFSAQRSMVPIDACVIGAQHSAFLQQASYITGGVYLKPQILDGLFQYLSTVFATDLHSRCFLQLPKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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