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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001665

染色体: Chr02 坐标: 30916630-30920094 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001665
名称SmilChr02G001665
描述uncharacterized SmilChr02G001665
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30916630 - 30920094 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013307
GeneID131013307
locus_tag-
NCBI NameLOC131013307
原始查询SmilChr02G001665

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Metal-dependent phosphohydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838304]; symbol=AT1G17330; hit=AT1G17330; species=arabidopsis; confidence=high
产物Metal-dependent phosphohydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838304]; symbol=AT1G17330; hit=AT1G17330; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G17330 (AT1G17330)
Metal-dependent phosphohydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838304]
identity=75.8; qcov=0.927; evalue=1.99e-115; confidence=high
RiceOs10g0486000 (CYP86A7-3)
-
identity=65.4; qcov=0.897; evalue=2.06e-95; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01966 (HD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013307

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057797367.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057797367.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797367.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797367.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797367.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30916853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:30917169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,C17,C30
Chr2:30918067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C60
Chr2:30918741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797367.1
232 aa
N
1
116
232
HD
C
PF01966 HD 37-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797367.1 Pfam PF01966 HD Family 37 142 6.4e-09 36.8 HD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941384.1
CACAAAAAAATAGCCAAACTAAACAGCTAATACTAACACATAAAAAAGAAGAATACAAGTAGTGACAAGTCAAACCATTTTCTACGCATAGCGAGAGAAAATGGGAGAACATGTTGGGAGAGAAACACTGCCCAAACCAGACATACTGCTCAAAGCAGAAGAATTGGTTAAATCCGCCATGGAAGGAAACGATGCATCCCACGACGCCGCACATGCGTTTAGAGTCAGAGACCTCGCTCTTTCTCTTGCCCGTGAAGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013307
ATGGGAGAACATGTTGGGAGAGAAACACTGCCCAAACCAGACATACTGCTCAAAGCAGAAGAATTGGTTAAATCCGCCATGGAAGGAAACGATGCATCCCACGACGCCGCACATGCGTTTAGAGTCAGAGACCTCGCTCTTTCTCTTGCCCGTGAAGAGCCTCTCTCCGCTTCTCCCCATTCCATGCTTATCGTGGAGTTAGCTGCACTTCTACATGATATAGGGGACTATAAGTATATAAGAGATCCATCAGAAGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797367.1
MGEHVGRETLPKPDILLKAEELVKSAMEGNDASHDAAHAFRVRDLALSLAREEPLSASPHSMLIVELAALLHDIGDYKYIRDPSEGKTVENFLVEEGVDENTKTSILSIIKGMGFKEEIGGLTESNRCPEFGVVQDADRLDAIGAIGIARCFTFGGSRNRVLHDPQIKPRSDLSKDKYMNKDEQTTVNHFHEKLLKLKKLMKTKAGQRRAERRHKFMEEFLEEFYEEWDGRA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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