当前解析结果
SmilChr02G001666| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001666 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001666 |
| 描述 | glycosyl hydrolase 5 family protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 30931189 - 30935233 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013308 |
|---|---|
| GeneID | 131013308 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013308 |
| 原始查询 | SmilChr02G001666 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycosyl hydrolase 5 family protein-like |
| 产物 | glycosyl hydrolase 5 family protein-like |
| Arabidopsis | AT1G13130 (AT1G13130)Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837870] identity=42; qcov=0.972; evalue=4.38e-148; confidence=medium |
| Rice | Os04g0481200- identity=42; qcov=0.977; evalue=1.06e-142; confidence=medium |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0071704 (GO:0071704) |
| KEGG | smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00150 (Cellulase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013308 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057797368.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797368.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797368.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797368.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797368.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:30931326 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr2:30931557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr2:30931613 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B50,B80,C3,C86 |
Chr2:30931682 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr2:30933810 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr2:30933995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr2:30934719 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B137,B33,B79,C36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797368.1PF00150
Cellulase 61-344 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797368.1 |
Pfam | PF00150 |
Cellulase | Domain | 61 | 344 | 1.8e-21 | 77.5 | Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。