当前解析结果
SmilChr02G001673| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001673 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001673 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001673 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 30987980 - 30989248 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008285 |
|---|---|
| GeneID | 131008285 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008285 |
| 原始查询 | SmilChr02G001673 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01107 (MP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008285 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057791156.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057791156.1 |
| 3 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057791156.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791156.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791156.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:30987989 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr2:30987996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr2:30988030 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr2:30988033 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,C17,C30 |
Chr2:30988034 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B110,B75 |
Chr2:30988034 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,B75 |
Chr2:30988040 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr2:30988079 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | A25,B110,B123,B13,B2,B6,B80,C19,C35,D3 |
Chr2:30988113 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 19 | A3,B112,B117,B119,B120,B125,B140,B19,B32,C2,C21,C34,C48,C57,C60,C7,C87,D2,D6 |
Chr2:30988125 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,D3 |
Chr2:30988145 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 50 | A10,A23,A24,A3,B102,B108,B111,B118,B12,B125,B134,B135,B136,B17,B18,B23,B34,B36,B4,B48,B62,B75,B77,B8,B84,B87,B88,B95,C16,C21,C26,C27,C29,C33,C34,C45,C46,C5,C56,C6,C64,C66,C74,C85,C87,D1,D4,D6,D7,D8 |
Chr2:30988161 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,C17,C30 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791156.1PF01107
MP 73-233 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791156.1 |
Pfam | PF01107 |
MP | Family | 73 | 233 | 2.8e-27 | 96.3 | Viral movement protein (MP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。