Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001683`

染色体: Chr02 坐标: 31066005-31067498 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001683`
名称	SmilChr02G001683
描述	uncharacterized SmilChr02G001683
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	31066005 - 31067498 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013316`
GeneID	`131013316`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013316`
原始查询	`SmilChr02G001683`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0643050; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os03g0643050; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G35695` (AT5G35695) nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543] identity=37.6; qcov=0.879; evalue=1.71e-35; confidence=medium
Rice	`Os03g0643050` - identity=41.1; qcov=0.995; evalue=3.11e-55; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013316

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797373.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057797373.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057797373.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797373.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797373.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:31066568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C19,C22,C71,C81
`Chr2:31066621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C34
`Chr2:31066621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr2:31066651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr2:31066676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,C34
`Chr2:31066678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr2:31066756`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,B98
`Chr2:31066808`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A21,A25,B113,B28,B5,B50,C18
`Chr2:31066890`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A21,A25,B113,B28,B5,B50,C18,D11
`Chr2:31066907`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B59
`Chr2:31066907`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B59
`Chr2:31067084`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A21,A25,B113,B28,B5,B50,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797373.1

215 aa

108

215

DDE_Tnp_4

DDE_Tnp_1

PF13359 DDE_Tnp_4 5-151 aa PF01609 DDE_Tnp_1 33-153 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797373.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	5	151	1.4e-20	74.2	DDE superfamily endonuclease
`XP_057797373.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	33	153	3.9e-06	27.5	Transposase DDE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941390.1
TGAATTCAAGGAGGTCCGGGCAAACCGTATCACATTATCTCCATGTCGTATTAGGTGCAATATTAAGGCTACACGATATTTTCTTAGCTAAGCCTGAGGCTGTCCCTGATGACTGCAATGATTCGTGTTGGCAATGGTTTAAGGGCTGTCTAGGAGCATTGGATGGTACTTATATCAATGTCATGGTAAGCAATAACGATAAGGCGAGGTATAGGACAAGGAAGGGTCTAATTTCTACAAATGTCTTAGGTGTGTGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013316
ATGGTAAGCAATAACGATAAGGCGAGGTATAGGACAAGGAAGGGTCTAATTTCTACAAATGTCTTAGGTGTGTGTGATCGTAACTTGAAGTTCACTTACGTTCTATCCGGTTGGGAAGGATCGCCAGCGGACTCTAGGATACTTCGAGATGCCATAAACAGGCCCTATGGATTAAAAGTGCCGAAGGGATTTTACTATTTGTGTGACAATGGTTACGCAAATCGTGAGAGGTTTTTAACACCTTTCAAAGGAGTTAGATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797373.1
MVSNNDKARYRTRKGLISTNVLGVCDRNLKFTYVLSGWEGSPADSRILRDAINRPYGLKVPKGFYYLCDNGYANRERFLTPFKGVRYHLKEWGPTNARPQNKEELFNLKHSKARNIIERALGILKMRWGILRSTTFYPIKIQNRLIMAAFLINNFIRTEIAIDPIEQEFDTMTRLNGANDVEHEDFVDTVESSPQWNAQREDLVESMWQQYMHNH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器