当前解析结果
SmilChr02G001687| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001687 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001687 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001687 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 31109680 - 31110880 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008293 |
|---|---|
| GeneID | 131008293 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008293 |
| 原始查询 | SmilChr02G001687 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G35695 (AT5G35695)nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543] identity=68.1; qcov=0.448; evalue=9.33e-60; confidence=low |
| Rice | Os08g0106900- identity=47.1; qcov=0.822; evalue=2.41e-75; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008293 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791164.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057791164.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057791164.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791164.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791164.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:31109700 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B84 |
Chr2:31109721 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr2:31109727 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 12 | B10,B129,B17,B46,B53,B65,B66,B73,C16,C21,C33,C73 |
Chr2:31109728 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,D11 |
Chr2:31109760 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B114,B42 |
Chr2:31109772 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 16 | B10,B129,B17,B29,B46,B53,B65,B66,B73,B91,C16,C21,C33,C38,C44,C73 |
Chr2:31109796 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B75,B9,C72 |
Chr2:31109817 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,C9 |
Chr2:31109832 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 31 | A11,A2,B10,B102,B106,B122,B17,B20,B3,B53,B58,B66,B69,B73,B75,B8,B87,B91,B95,C16,C21,C33,C36,C38,C44,C49,C61,C71,C72,C73,C85 |
Chr2:31109840 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B21,B4,B54 |
Chr2:31109851 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B97 |
Chr2:31109856 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B2,B52,B55,C21,C59,C78,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791164.1PF26138
DUF8040 42-101 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 131-292 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 137-298 aa
PF04827
Plant_tran 241-301 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791164.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 42 | 101 | 1.9e-11 | 44.4 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057791164.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 131 | 292 | 1.1e-09 | 39.0 | Transposase DDE domain |
XP_057791164.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 137 | 298 | 2.4e-23 | 83.2 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057791164.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 241 | 301 | 1.4e-05 | 25.5 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。