Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001689`

染色体: Chr02 坐标: 31133228-31138014 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001689`
名称	SmilChr02G001689
描述	putative ubiquitin-conjugating enzyme E2 38
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	31133228 - 31138014 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013318`
GeneID	`131013318`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013318`
原始查询	`SmilChr02G001689`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative ubiquitin-conjugating enzyme E2 38
产物	putative ubiquitin-conjugating enzyme E2 38
Arabidopsis	`AT3G15355` (UBC25) ubiquitin-conjugating enzyme 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820772] identity=60.3; qcov=0.551; evalue=8.75e-114; confidence=medium
Rice	`Os05g0557600` (OsUBC41) - identity=54.1; qcov=0.688; evalue=3.95e-131; confidence=high
GO	GO:0061631 (ubiquitin conjugating enzyme activity)
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00179 (UQ_con)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013318

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797374.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057797374.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057797374.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797374.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797374.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:31133776`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B120,C30
`Chr2:31133883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B78
`Chr2:31134067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:31135535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr2:31137460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797374.1

494 aa

247

494

UQ_con

PF00179 UQ_con 241-374 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797374.1`	Pfam	`PF00179`	UQ_con	Domain	241	374	1.2e-21	77.5	Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941391.1
GACAAACCTGACAATGCAACCTATGAAACGACGATCCCATGTCTACAAACACACCTTACGCGCGAACCTAACGAAGAAAACACTCACTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCCAAAATTCTAAAATTGTGGAACTAAATTATGGTTAGCAGAAGTCTCGAAAACCTTGTGTGTTATATTATTCCCTCATATATACATAGAATCCACGAATCATACACAACCCTCAAACCTCAACTGATAAGTTCCCCCTAAATCAGGGGATAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013318
ATGGAGTCTCCCACCGCCTTTCCACGATACATCCCTCAGAATTCCAAGAAAAGGACATTGCCGGGTGGTGGAACTTCATCGCCACTGTGTAAAGAGGTGGCGGCGTCGGAGATACCGTCGCAGGCGATGGATCGCTCTTCTGAGCCCAACTCTTCGAAGCAGCAAGAGGTTCCTGAAATAATAGATGTTGACATGTTAGAAGACTGTGATGATGCTTCGTTGATGGATAGTGAAGTTGATGGGAGTGCTAAAGGGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797374.1
MESPTAFPRYIPQNSKKRTLPGGGTSSPLCKEVAASEIPSQAMDRSSEPNSSKQQEVPEIIDVDMLEDCDDASLMDSEVDGSAKGKKVLSNSSAGISGLADQESADDMATSNDSAAELEDYGDGSYFGEDEWVDTDYDGMIDDDNDHLEARFDNMELPPGVEAPIPWFRSSPKNDTKGPIKGPSTSTNSGSSLRTGMIKVVDEIVQKFDNFAKFDTVDDYSDHYYSIKKSSEVAEKNWSKRIQEEWKILEKNLPAEVYVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器