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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001744

染色体: Chr02 坐标: 32030639-32044341 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001744
名称SmilChr02G001744
描述uncharacterized SmilChr02G001744
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向32030639 - 32044341 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013367
GeneID131013367
locus_tag-
NCBI NameLOC131013367
原始查询SmilChr02G001744

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820753]; symbol=AT3G15220; hit=AT3G15220; species=arabidopsis; confidence=high
产物Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820753]; symbol=AT3G15220; hit=AT3G15220; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G15220 (AT3G15220)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820753]
identity=63.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0507300 (OSJNBb0062D12.129-2)
-
identity=56.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF03109 (ABC1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013367

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057797413.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057797416.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797413.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797413.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797413.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:32032971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:32035897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr2:32037592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B25,B49,C85
Chr2:32037645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr2:32037784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr2:32037827 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B55,B59,B70,B72
Chr2:32037827 AGG A 2bp_deletion CDS_variant 4 B55,B59,B70,B72
Chr2:32040231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:32041329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B98
Chr2:32042093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B69
Chr2:32043458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797413.1
708 aa
N
1
354
708
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
ABC1
C
PF00069 Pkinase 16-267 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 19-263 aa PF03109 ABC1 84-165 aa
XP_057797414.1
707 aa
N
1
354
707
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
ABC1
C
PF00069 Pkinase 16-267 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 19-263 aa PF03109 ABC1 84-165 aa
XP_057797416.1
698 aa
N
1
349
698
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
ABC1
C
PF00069 Pkinase 16-267 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 19-263 aa PF03109 ABC1 84-165 aa
XP_057797417.1
698 aa
N
1
349
698
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
ABC1
C
PF00069 Pkinase 16-267 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 19-263 aa PF03109 ABC1 84-165 aa
XP_057797418.1
697 aa
N
1
348
697
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
ABC1
C
PF00069 Pkinase 16-267 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 19-263 aa PF03109 ABC1 84-165 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797413.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 267 7.3e-69 232.8 Protein kinase domain
XP_057797413.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 19 263 2.7e-51 175.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797413.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 84 165 9.5e-07 28.9 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057797414.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 267 7.3e-69 232.8 Protein kinase domain
XP_057797414.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 19 263 2.7e-51 175.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797414.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 84 165 9.5e-07 28.9 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057797416.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 267 7.1e-69 232.8 Protein kinase domain
XP_057797416.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 19 263 2.6e-51 175.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797416.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 84 165 9.2e-07 29.0 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057797417.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 267 7.1e-69 232.8 Protein kinase domain
XP_057797417.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 19 263 2.6e-51 175.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797417.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 84 165 9.2e-07 29.0 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057797418.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 267 7.1e-69 232.8 Protein kinase domain
XP_057797418.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 19 263 2.6e-51 175.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797418.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 84 165 9.2e-07 29.0 ABC1 atypical kinase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941431.1
CAATTTCTACTCCCATTTTCGCAGCATCCCAAAACAAACAACAGTTGAATTTCTCTTTATCGATCGCCTCTAACTCCGCAAAAATCACAAGCCAAAGAGCAGGCAAAAAGGGATTACATGCATGTATCTGCATACACCAACAAATCTAACGATCTATAATTTCAGTTTAGTCCCCTTATTTGTCAAATTTCCCTGTTTACAGTTGTGAATCTCGAAATCGTTTCTCCAATCCGCATTTGCGAGTATTGAGTTCGCGATTA...
XM_057941434.1
AATTTCTACTCCCATTTTCGCAGCATCCCAAAACAAACAACAGTTGAATTTCTCTTTATCGATCGCCTCTAACTCCGCAAAAATCACAAGCCAAAGAGCAGGCAAAAAGGGATTACATGCATGTATCTGCATACACCAACAAATCTAACGATCTATAATTTCAGTTTAGTCCCCTTATTTGTCAAATTTCCCTGTTTACAGTTGTGAATCTCGAAATCGTTTCTCCAATCCGCATTTGCGAGTATTGAGTTCGCGATTAC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131013367
ATGGCGGATGCGGAAGCTCTATTAGAGGCCTCAGGATCCAGATTTAGTGATCTGGAGCTCATCGGAAGAGGTTCCTTTGGAGATGTTTATAAAGGGTATGATAAGGAACTCAAAAAGGACGTTGCCATCAAAGTCATTGATTTGGAAGAATCGGAAGATGAGATAGAGGACATCCAGAAGGAAATTGCGGTTCTTTCAGAATGTCGATCTCTATATATTACCGAGTATTATTGTTCTTATTTGCACCAAACTAAGCTGTG...
LOC131013367
ATGGCGGATGCGGAAGCTCTATTAGAGGCCTCAGGATCCAGATTTAGTGATCTGGAGCTCATCGGAAGAGGTTCCTTTGGAGATGTTTATAAAGGGTATGATAAGGAACTCAAAAAGGACGTTGCCATCAAAGTCATTGATTTGGAAGAATCGGAAGATGAGATAGAGGACATCCAGAAGGAAATTGCGGTTCTTTCAGAATGTCGATCTCTATATATTACCGAGTATTATTGTTCTTATTTGCACCAAACTAAGCTGTG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057797413.1
MADAEALLEASGSRFSDLELIGRGSFGDVYKGYDKELKKDVAIKVIDLEESEDEIEDIQKEIAVLSECRSLYITEYYCSYLHQTKLWIVMEYMAGGSVADLIQPNQPLDEVSIAWILRDLLHAIEYLHSEGKIHRDIKAANILLTESGDVKVADFGVSAQLTRTISRRKTFVGTPFWMAPEVIQNSEGYNEKADIWSLGITAIEMAKGEPPLADLHPMRVLFIIPRENPPQLDEHFSRPLKEFVSLCLKKNPAERPSAKE...
XP_057797414.1
MADAEALLEASGSRFSDLELIGRGSFGDVYKGYDKELKKDVAIKVIDLEESEDEIEDIQKEIAVLSECRSLYITEYYCSYLHQTKLWIVMEYMAGGSVADLIQPNQPLDEVSIAWILRDLLHAIEYLHSEGKIHRDIKAANILLTESGDVKVADFGVSAQLTRTISRRKTFVGTPFWMAPEVIQNSEGYNEKADIWSLGITAIEMAKGEPPLADLHPMRVLFIIPRENPPQLDEHFSRPLKEFVSLCLKKNPAERPSAKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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