Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001747`

染色体: Chr02 坐标: 32049309-32058052 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001747`
名称	SmilChr02G001747
描述	uncharacterized SmilChr02G001747
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	32049309 - 32058052 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013370`
GeneID	`131013370`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013370`
原始查询	`SmilChr02G001747`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820749]; symbol=AT3G15180; hit=AT3G15180; species=arabidopsis; confidence=high
产物	ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820749]; symbol=AT3G15180; hit=AT3G15180; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G15180` (AT3G15180) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820749] identity=56.4; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0557200` - identity=48.9; qcov=1.01; evalue=1.86e-174; confidence=high
GO	GO:0005829 (cytosol); GO:0043248 (proteasome assembly)
KEGG	-
Pfam	PF10508 (Proteasom_PSMB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013370

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057797422.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057797422.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797422.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797422.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797422.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:32049461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B137,B33,B79,C36
`Chr2:32051272`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:32052161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,D9
`Chr2:32053536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr2:32053565`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B109
`Chr2:32053565`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B109
`Chr2:32054961`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,C27,C83
`Chr2:32055053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr2:32056643`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	A15,A4,B45,B56,B96
`Chr2:32056643`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	5	A15,A4,B45,B56,B96
`Chr2:32056869`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B13
`Chr2:32056869`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797422.1

523 aa

262

523

Proteasom_PSMB

PF10508 Proteasom_PSMB 60-520 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797422.1`	Pfam	`PF10508`	Proteasom_PSMB	Repeat	60	520	9.5e-17	61.4	Proteasome non-ATPase 26S subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941439.1
AGAGGGTAATGTAGAATTGATTGTTGGAGATGAAGGCCCTCTAAAATAGAGGAACCCTTGGAGATGCTCTCACAGTAGCTACCGCTTTCCACCGTTACTCAATTTCGTCTTCACTCAACTCGTGTAAACTTCTGCAGCAAGAAATGAAGGAGGAATTCGCCGTCGATCCCGCTCAGCTGCTCGTAGCGGCTTCCGATTTCGCTCAACAACCAGGTGCCATCTCCGACATTTCAGCTCAGGAGTTCCTCAGCCGCTTTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013370
ATGAAGGAGGAATTCGCCGTCGATCCCGCTCAGCTGCTCGTAGCGGCTTCCGATTTCGCTCAACAACCAGGTGCCATCTCCGACATTTCAGCTCAGGAGTTCCTCAGCCGCTTTCCTCTTCCTGCTATTTTCGGTGCACTGCAAACTGATGCGAGTTACCCTGGTCTGGAGAGTGCTTTAGTCGAATGTTTGGAGAGAGTATTCAGAACTAAGTATGGAGCATCGCTTATCCCGCACTACATGCCCTTCGTTATGGTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797422.1
MKEEFAVDPAQLLVAASDFAQQPGAISDISAQEFLSRFPLPAIFGALQTDASYPGLESALVECLERVFRTKYGASLIPHYMPFVMVGLGADSQKVKRLACIVISCLLEHTDKRVSIQLVVQHSVYPLLLGCLIDGDEQVAAASTDAIESLASYPEGTGIVFPANVNEATHLGYVAAKCSSLGRVRILALIVKLFSISSSVASEVSKSNLLSLLEAEVRDTNDTLVTLSVLELIYELVEVQHSAEFLSKTVLLELLSSIIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器