Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001761`

染色体: Chr02 坐标: 32363557-32364315 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001761`
名称	SmilChr02G001761
描述	uncharacterized SmilChr02G001761
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	32363557 - 32364315 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008313`
GeneID	`131008313`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008313`
原始查询	`SmilChr02G001761`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G02650` (AT2G02650) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814794] identity=29; qcov=0.615; evalue=3.97e-15; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=26.6; qcov=0.897; evalue=3.3e-17; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791183.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057791183.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057791183.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791183.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791183.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:32363634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C50,C55
`Chr2:32363650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr2:32363717`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B122,C50,C55,D4
`Chr2:32363782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr2:32363810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B76
`Chr2:32363824`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	A22,B130,B137,B35,B41,B88,C16,C26,C62,C74
`Chr2:32363844`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr2:32363846`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr2:32363857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B118
`Chr2:32363879`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B11,B15,B35,B36,B50,B78,C11,C82
`Chr2:32363911`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B46,B91,C46,D7
`Chr2:32363919`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,C81,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791183.1

252 aa

126

252

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 57-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791183.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	57	150	4.7e-20	72.7	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935200.1
ATGGGGGAATGGATTGAAGGAACTTGGGAGTGGAAACTCGAGTGGGATAGGAACTTGAGGGAGAGAGAACTGGAGCAAATTCGAACCTTAAGGTCTTGTGTCAGTAAAATTCGACTAAATGCAGGTACTTTGGATGCTTGGAGATGGAAGGCAGCCAGTAGCGGTGTTTTCTCTGTCAAGACAGCATATGAGACTCTCTTTAAAAATAGGAGAATGTCGAATTTGTGGGGAGTTCAAAAGGAGATAGCCATGATCTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008313
ATGGGGGAATGGATTGAAGGAACTTGGGAGTGGAAACTCGAGTGGGATAGGAACTTGAGGGAGAGAGAACTGGAGCAAATTCGAACCTTAAGGTCTTGTGTCAGTAAAATTCGACTAAATGCAGGTACTTTGGATGCTTGGAGATGGAAGGCAGCCAGTAGCGGTGTTTTCTCTGTCAAGACAGCATATGAGACTCTCTTTAAAAATAGGAGAATGTCGAATTTGTGGGGAGTTCAAAAGGAGATAGCCATGATCTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791183.1
MGEWIEGTWEWKLEWDRNLRERELEQIRTLRSCVSKIRLNAGTLDAWRWKAASSGVFSVKTAYETLFKNRRMSNLWGVQKEIAMIWKAKVPAKVIATVWKVLKGRIATVDNLRRRQVVTHSATDFCVLCQVKEETIEHLFFLCQKTDEIWKEILSWTGNQAAFHSKTKAHFNAFVNLGSNKDVDFFLAVWMCVIWSIWKTRNNCIFNQGSWNKDRMMAEIKARLWAWRSYSNQTMQEQEFRGWFSAVRGLCF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器