当前解析结果
SmilChr02G001762| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001762 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001762 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001762 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 32370276 - 32370823 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008314 |
|---|---|
| GeneID | 131008314 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008314 |
| 原始查询 | SmilChr02G001762 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=33.9; qcov=0.786; evalue=1.98e-07; confidence=low |
| Rice | Os06g0597250- identity=33.3; qcov=1.13; evalue=6.84e-21; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28509 (DUF8418) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008314 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791184.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791184.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791184.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791184.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057791184.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:32370280 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr2:32370295 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr2:32370313 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr2:32370322 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr2:32370383 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr2:32370388 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:32370437 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr2:32370547 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:32370551 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:32370593 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr2:32370605 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr2:32370607 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C13,C30 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791184.1PF28509
DUF8418 58-96 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791184.1 |
Pfam | PF28509 |
DUF8418 | Domain | 58 | 96 | 1.1e-16 | 61.0 | Domain of unknown function (DUF8418) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。