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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001765

染色体: Chr02 坐标: 32384930-32390532 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001765
名称SmilChr02G001765
描述uncharacterized SmilChr02G001765
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向32384930 - 32390532 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012436
GeneID131012436
locus_tag-
NCBI NameLOC131012436
原始查询SmilChr02G001765

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Outer arm dynein light chain 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818033]; symbol=AIR9; hit=AT2G34680; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Outer arm dynein light chain 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818033]; symbol=AIR9; hit=AT2G34680; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT2G34680 (AIR9)
Outer arm dynein light chain 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818033]
identity=48; qcov=0.178; evalue=1.12e-15; confidence=weak
RiceOs10g0195100
-
identity=25.9; qcov=0.551; evalue=5.66e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03004 (Transposase_24); PF23197 (IG_AIR9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796370.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796370.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796370.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796370.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796370.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:32385091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B59,B68,B75,C48,C61
Chr2:32385137 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 16 A15,A4,A5,A7,B113,B22,B44,B45,B61,B64,B66,B7,B89,C49,C61,C81
Chr2:32385150 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 9 A1,B139,C18,C22,C24,C27,C32,C40,D10
Chr2:32385203 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B32,C25
Chr2:32385203 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 2 B32,C25
Chr2:32385210 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A11,A16,A8,B102,B112,B114,B121,B139,B16,B17,B27,B3,B34,B53,B64,B80,B81,B94,B95,C13,C20,C46,C62,C75,D11,D8
Chr2:32385211 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B104,C17
Chr2:32385211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C17
Chr2:32385216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B83,B9,C12
Chr2:32385230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:32385234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:32385269 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796370.1
575 aa
N
1
288
575
IG_AIR9
Transposase_24
C
PF23197 IG_AIR9 170-260 aa PF03004 Transposase_24 402-524 aa
XP_057796371.1
575 aa
N
1
288
575
IG_AIR9
Transposase_24
C
PF23197 IG_AIR9 170-260 aa PF03004 Transposase_24 402-524 aa
XP_057796372.1
575 aa
N
1
288
575
IG_AIR9
Transposase_24
C
PF23197 IG_AIR9 170-260 aa PF03004 Transposase_24 402-524 aa
XP_057796374.1
575 aa
N
1
288
575
IG_AIR9
Transposase_24
C
PF23197 IG_AIR9 170-260 aa PF03004 Transposase_24 402-524 aa
XP_057796375.1
574 aa
N
1
287
574
IG_AIR9
Transposase_24
C
PF23197 IG_AIR9 169-259 aa PF03004 Transposase_24 401-523 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796370.1 Pfam PF23197 IG_AIR9 Domain 170 260 1.6e-11 44.6 AIR9 A9 domain
XP_057796370.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 402 524 2.9e-13 50.9 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)
XP_057796371.1 Pfam PF23197 IG_AIR9 Domain 170 260 1.6e-11 44.6 AIR9 A9 domain
XP_057796371.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 402 524 2.9e-13 50.9 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)
XP_057796372.1 Pfam PF23197 IG_AIR9 Domain 170 260 1.6e-11 44.6 AIR9 A9 domain
XP_057796372.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 402 524 2.9e-13 50.9 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)
XP_057796374.1 Pfam PF23197 IG_AIR9 Domain 170 260 1.6e-11 44.6 AIR9 A9 domain
XP_057796374.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 402 524 2.9e-13 50.9 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)
XP_057796375.1 Pfam PF23197 IG_AIR9 Domain 169 259 1.9e-11 44.4 AIR9 A9 domain
XP_057796375.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 401 523 3.1e-13 50.8 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940387.1
CCCTTCTAGGAAGCCTCTCGCTGCGATGTCTGCAAATGCAGCTTCTCCACCTTCCGCCGGCTGGTAATTCTCAGTTCTTATGTCAAAATCAGCCGAAGTTACTTCGATTATGTTCCTTCCTCTATCACTCCATTTTCAATTTCACCTATTTCATACGAGGATTTGGCTTGAGGTTCAATTTCATTTGAAATTGATTCAGACATCAGTTGAGAGCTTGGGCTTTTAGTCGTTGAGCTGTCTAACAAGGTGAGAATCCCGGA...
XM_057940388.1
CCGCCTCCCTTCTAGGAAGCCTCTCGCTGCGATGTCTGCAAATGCAGCTTCTCCACCTTCCGCCGGCTGACATCAGTTGAGAGCTTGGGCTTTTAGTCGTTGAGCTGTCTAACAAGGTGAGAATCCCGGAGCCTCTGAGGATTCTTCAGCTTCAATTCCGGCTACCAATATTAGAACAAAGAAGCTCTTTGTCACCGCTTAAGGATTCAAAGATACCAAAGGTAGAAGCATTTAAAGTTTCGGGAAAAAAGCTGCAATAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131012436
ATGAATGCACCATTTAACAAAGGAATGAGCCACAAAAATAGAAGATTTACAACACCTCGTTTGTCAAAGAAATTGCATGAACATGGAAAAAAATATGCTGGAAATAACAAGTTAACAACTCCATCAATTTCTCAAGGCAGAACAGAGCAAGAACCTGAGGCCACATTCAATTATTCAATGAACAACAACACATCACACTCTCTGATTGTGCATTATAAAGATTGTGAATTCCATGAAAATGGTTTCAATGAAGATAGTTC...
LOC131012436
ATGAATGCACCATTTAACAAAGGAATGAGCCACAAAAATAGAAGATTTACAACACCTCGTTTGTCAAAGAAATTGCATGAACATGGAAAAAAATATGCTGGAAATAACAAGTTAACAACTCCATCAATTTCTCAAGGCAGAACAGAGCAAGAACCTGAGGCCACATTCAATTATTCAATGAACAGAGACAACACATCACACTCTCTGATTGTGCATTATAAAGATTGTGAATTCCATGAAAATGGTTTCAATGAAGATAG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057796370.1
MNAPFNKGMSHKNRRFTTPRLSKKLHEHGKKYAGNNKLTTPSISQGRTEQEPEATFNYSMNRDNTSHSLIVHYKDCEFHENGFNEDSSFLDILSICKKFIDIYSVGIKISDGDARPLKSDRDVLAMLIRHEDVPCINVHIYEDPTVAPLSFKLPQDNPMLGSQVSSNLRVTNVKIVGDLKANKKVKVTGTIVGGIEDESMVDLFITISKSFDAQKDLELIGHSRNNKEFQLPSKAVGHYVVAKYSPMNEDGKYGEPVFVV...
XP_057796371.1
MNAPFNKGMSHKNRRFTTPRLSKKLHEHGKKYAGNNKLTTPSISQGRTEQEPEATFNYSMNRDNTSHSLIVHYKDCEFHENGFNEDSSFLDILSICKKFIDIYSVGIKISDGDARPLKSDRDVLAMLIRHEDVPCINVHIYEDPTVAPLSFKLPQDNPMLGSQVSSNLRVTNVKIVGDLKANKKVKVTGTIVGGIEDESMVDLFITISKSFDAQKDLELIGHSRNNKEFQLPSKAVGHYVVAKYSPMNEDGKYGEPVFVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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