Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001781`

染色体: Chr02 坐标: 32596429-32605638 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001781`
名称	SmilChr02G001781
描述	apoptosis inhibitor 5-like protein API5
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	32596429 - 32605638 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012030`
GeneID	`131012030`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012030`
原始查询	`SmilChr02G001781`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	apoptosis inhibitor 5-like protein API5
产物	apoptosis inhibitor 5-like protein API5
Arabidopsis	`AT2G34040` (AT2G34040) Apoptosis inhibitory protein 5 (API5) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817965] identity=67.7; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0313400` (API5) - identity=61.7; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0043067 (regulation of programmed cell death)
KEGG	-
Pfam	PF05918 (API5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012030

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795922.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057795922.1`
3	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.40000	`XP_057795922.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057795922.1`
5	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057795922.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:32596963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B93,C71,C72
`Chr2:32597761`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B30
`Chr2:32597761`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B30
`Chr2:32597793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,C4
`Chr2:32601958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,C24,C50
`Chr2:32602765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B100,B45,C2,C86
`Chr2:32602778`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B40,B45,C2,C62,C86
`Chr2:32602778`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B40,B45,C2,C62,C86
`Chr2:32602791`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B40,B45,C2,C74,C86
`Chr2:32602791`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B40,B45,C2,C74,C86
`Chr2:32603477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B98,C36
`Chr2:32604785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795922.1

553 aa

276

553

API5

PF05918 API5 11-550 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795922.1`	Pfam	`PF05918`	API5	Repeat	11	550	8.3e-236	784.7	Apoptosis inhibitory protein 5 (API5)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939939.1
ATTATGAAACATATATTGATGCAATATAAAAGTATTTTTTTGTTACATATCTTAAATTCGTCAAAATTTTAAAAAAATTAAAAAATAGTCCTTCTAAATTTTTGATGAGTTTAAAATAGGTGAGGGTATAAAAGATGGAGTAAATTTCGAGCGTTTTCCATCTTCTTCAAAACTAAAATCACACTCAGACGTTCCCTCCTTCAACTTCAAAACCCTAATCCCATTTTCCGCAAACAACACACGCACAAATTCTTGGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012030
ATGGCTGAAGCGACCGAAGATATCGGAGACATCGAGAAGCTCTACGAGTACGGTGAAAGACTGAATGAAGCCAAAGACAAGTCCCAGAATCGGAAGGATTACGAGGGGATACTTGCTGCTGCGAATGGCAGTGTGAAGGCGAAGCAGTTGTCGGCACAAATGATACCTAAGTTTTTCAAGTATTTCCCTGAGCTCGCCGAGCAAGCTCTGGACCAGCATCTGTATTTGTGCGAGGATGAGGAGCTTGGTGTGCGTGTACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795922.1
MAEATEDIGDIEKLYEYGERLNEAKDKSQNRKDYEGILAAANGSVKAKQLSAQMIPKFFKYFPELAEQALDQHLYLCEDEELGVRVQAIRGLPLFCKDTPEHLAKIVDILAQLLVAGDNVERDAVHKAIMSLLRQDVKTSLTALFKHIGSTDDRSAEDITACESIREKVLCFIRDKVFSLKEELLKPKDEMERHITNLVKQNMQDVTAAEFKLFIDFLKSLTMFGKNAPVERVQELVEIIEGQADLDAQFNVSDSDHIDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器